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Simulaciones Biomoleculares

MIEMBROS

  • Sergio Pantano, PhD (Investigador Principal)
  • Matías Machado, PhD (Investigador Asociado)
  • Astrid Brandner, MSc (Investigadora Asociada )
  • Steffano Silva (Estudiante)
  • Carlos Cruz (Pasante)

 

INVESTIGACIÓN

El grupo de Simulaciones BioMoleculares desarrolla y aplica técnicas de avanzada en modelado molecular al estudio de diversos problemas de relevancia biomédica, complementando o supliendo información experimental que es difícil o imposible de obtener en ciertos casos.

Desarrollamos y mantenemos un campo de fuerzas de Grano Grueso con validez general para sistemas biológicos llamado SIRAH©. Este campo de fuerzas incluye parámetros y topologías para simular solvente acuoso y electrolitos simples, ADN simple y doble hebra y proteínas a nivel de grano grueso y multiresolución. Hemos destinado considerables esfuerzos para permitir que la implementación de SIRAH© sea simple y fácil de utilizar en los paquetes de simulaciones mas populares. En este contexto, proveemos a los interesados un conjunto de archivos de topología y parámetros de interacción junto con tutoriales paso-a-paso y herramientas de análisis que puede ser descargado libremente desde nuestro sition web (www.sirahff.com)

Los últimos desarrollos del campo de fuerzas incluyen:

  • Parámetros para fosfolípidos (en colaboracion con E. Frigini y R. Porasso)
  • Modelos de solvante supramoleculares para simulaciones multi resolución que son aplicados al estudio de capsides virales (en collaboration with D. Guerin y M. Costabel).

 

PUBLICACIONES

(Se listan solamente los 3 últimos años)
– Machado MR and Pantano S. SIRAH Tools: mapping, backmapping and visualization of coarse-grained models. Bioinformatics, 2016, 1-3.

– Machado MR and Pantano S. Exploring LacI−DNA Dynamics by Multiscale Simulations Using the SIRAH force field. JCTC, 2015, 11:5012.

– Jäger AV, De Gaudenzi JG, Mild JG, Cormack BM, Pantano S, Altschuler DL, Edreira MM. Identification of novel cyclic nucleotide binding proteins in Trypanosoma cruzi. Mol Biochem Parasitol. 2015, 198:104.

– Darré L, Machado MR, Brandner AF, Ferreira S, Gonzalez HC, Pantano S. SIRAH: a structurally unbiased coarse-grained force field for proteins with aqueous solvation and long-range electrostatics. JCTC, 2015, 11:723.

– Morande PE, Borge M, Abreu C, Galletti J, Zanetti SR, Nannini P, Bezares RF, Pantano S, Dighiero G, Oppezzo P, Gamberale R, Giordano M. Surface localization of high-mobility group nucleosome-binding protein 2 (HMGN2) on leukemic B cells from chronic lymphocytic leukemia patients is related to secondary autoimmune hemolytic anemia. Leuk Lymphoma. 2015. Jan 21:1-8.

– Sanguinetti M, Amillis S, Pantano S, Scazzocchio C and Ramón A. Modeling and mutational analysis of Aspergillus nidulans UreA, a member of the subfamily of urea/H+ transporters in fungi and plants. Open Biology, 2014, 4:140070

– Zecchin A, Pattarini L, Gutierrez MI, Mano M, Mai A, Valente S, Myers MP, Pantano S, and Giacca M. Reversible acetylation regulates vascular endothelial growth factor receptor-2 activity. Journal of Molecular Cell Biology, 2014, 6:116.

– Gonzalez HC, Darré, L. Pantano, S. Transferable Mixing of Atomistic and Coarse-Grain Water Models. J. Phys. Chem. B, 2013, 117 :14438.

– Pantano S, Montecucco C. The Blockade of the Neurotransmitter Release Apparatus by Botulinum Neurotoxins. Cell. Mol. Life Sci. 2013, DOI:10.1007/s00018-013-1380-7.

– Megighian A, Zordan M, Pantano S, Scorzeto M, Rigoni M, Zanini D, Rossetto O, Montecucco C. Evidence for a radial SNARE super-complex mediating neurotransmitter release at the Drosophila neuromuscular junction. J. Cell. Sci., 2013, 136: 3134.

– Almeida RS, Loss O, Colabardini AC, Brown NA, Bignell E, Savoldi M, Pantano S, Goldman MH, Arst HN Jr, Goldman GH. Genetic Bypass of Aspergillus nidulans crzA Function in Calcium Homeostasis. G3 (Bethesda), 2013, 3:1129.

 

CONTACTO

Dr. Sergio Pantano.
Tel: +598 2 5220910 Int 156
e-mail: spantano “at” pasteur.edu.uy