El malvado sheriff y la ciencia lenta

>>El malvado sheriff y la ciencia lenta

Por Juan Pablo Tosar*

El investigador Juan Pablo Tosar reflexiona sobre la importancia del rigor científico y de tomarse el tiempo para hacer los experimentos necesarios.

A nadie le sienta bien el papel de malo de la película —tal vez a Michael Madsen— pero alguien tiene que hacerlo. Cuando me pidieron que comentara sobre nuestro trabajo publicado el lunes 22 de enero en la revista Communications Biology, pensé que podría ser interesante aprovechar para hablar sobre ese costado menos brillante de la ciencia, pero que, como le pasa a la luna, forma parte de su ser.

Antes que eso, contaré qué fue lo que aportamos en esta oportunidad. Lo haré sintético: no aportamos nada nuevo. En serio.
Resulta que hay unas moléculas de ARN muy pequeñas que se llaman piRNAs, y de las que probablemente pocos hayan oído hablar. Pues esos piRNAs son fundamentales para que nuestro genoma no se destruya a sí mismo. Regulan la expresión de unos elementos genéticos móviles llamados transposones, que son como si fueran virus, solo que forman parte de nuestro propio ADN. Los piRNAs los mantienen a raya; son nuestros pequeños salvadores.

Hasta hace poco se creía que, en los mamíferos, esta maquinaría de los piRNAs existía únicamente en testículos y ovarios, pero luego varios grupos de investigación empezaron a describir piRNAs en el cerebro, en la sangre, y en un montón de otras células. Otros laboratorios reportaron que las células tumorales contienen abundantes piRNAs. Así surgía un nuevo horizonte relacionado a estas pequeñas moléculas ¡Emocionante!

Pero entonces llegó el malo de la película, porque reprodujimos el estudio y nos dimos cuenta que esos piRNAs fuera de las gónadas no son piRNAs, sino otros tipos de ARNs que se les parecen. Todos estos autores realmente creían que estaban describiendo piRNAs, pero eso se debía a un problema con las bases de datos y los algoritmos que existen desde hace unos años y que son utilizados para comparar y clasificar una secuencia como piRNA (o descartarla como tal).

Así tiramos un torpedo y se vino abajo un campo de estudio que prometía. Como en el Juego de la Oca (el juego de mesa, no el programa de TV que hizo vibrar a toda mi generación), retrocedimos tres casilleros con nuestro trabajo. ¡Dudoso honor!
Este es, además, el tercer artículo científico que publicamos mostrando cómo errores no apreciados a la hora de interpretar datos de secuenciación masiva han llevado a que se empezaran a asentar como “verdades científicas” ideas muy interesantes y novedosas, pero sobre mecanismos que lamentablemente no ocurren (formalmente: sobre los que no tenemos evidencia clara de que ocurran).

Hay un amigo en el Institut Pasteur de Montevideo que me dice “dejá de jugar al Sheriff”. Lo cierto es que salir a marcar errores en la bibliografía científica es mucho menos excitante que proponer nuevos mecanismos, que publicar grandes descubrimientos (¡qué linda palabra!)

Quisiera que mi epitafio diga: “Fue buen tipo, descubrió tal cosa, y así contribuyó a curar una enfermedad”. Ciertamente no quisiera ser recordado como: “El que tira piedras al trabajo ajeno” (una simpática expresión que me dijeron en un congreso internacional hace un par de años).

Pero, ¡qué le vamos a hacer! Contribuir a generar conocimiento lo más certero posible también es nuestro trabajo, y no todos los experimentos tienen que sí o sí confirmar hipótesis atractivas que sacudan las raíces de los árboles. A veces ir levemente hacia “atrás” aporta más que insistir yendo hacia “adelante” e invertir millones de dólares en experimentos concebidos sobre premisas equivocadas.

Hay una analogía que uso cuando quiero explicarle a mi familia el porqué la obsesión de los científicos por la publicación de artículos. Cuento que el conocimiento es un camino compuesto de adoquines, que nos lleva hacia un lugar al que llamamos verdad. Para los que estudiamos los mecanismos moleculares que operan dentro de una célula, esa realidad es microscópica, pero puede ser abarcada y comprendida aún en su microscópica complejidad.

Para ello uno elabora hipótesis, hace experimentos, interpreta los resultados, concluye, envía al editor de una revista esos resultados; el editor pide la opinión anónima de dos o más expertos en el tema; estos opinan que las conclusiones se ajustan a los resultados, y ¡Voilà! hemos publicado un “paper”. Así denominamos a esos insípidos textos escritos en lenguaje ultra técnico, que son para el científico el equivalente de un gol (hay goles de rebote, de taquito, o hechos con la mano).

Luego explico que estos artículos son los adoquines que, uno delante del otro, van formando el empedrado camino del conocimiento humano. Ahí a los positivistas se les pianta un lagrimón, y a los que traducen todo a mercancía no les cuesta ver que si uno produce artículos, entonces al menos produce algo. Se imaginarán artículos para el hogar, o alguna otra cosa que se pueda comprar y vender. Como los medicamentos.

La analogía funciona y es válida para explicar algunas cosas importantes. El problema es cuando los científicos —o quiénes pretenden entender más a fondo cómo funciona la maquinaria de la ciencia— la tomamos literal, y el cuento de las piedritas nos hace ver a cada artículo científico como una “unidad de verdad”. Antes de publicarlos, la interpretación de mis resultados experimentales puede ser debatida por colegas en un congreso, o por los revisores a quienes el editor pide asesoramiento antes de aceptar o no el trabajo para su publicación. Pero después que está publicado… ¡Amén!
¿Qué es entonces un “paper”? ¿Es una pieza que intenta aproximarnos a una realidad exterior, o es la realidad misma, humanamente construida? Vivimos en lo que algunos han denominado “post-verdad”, y este nuevo paradigma cultural también permea en la física, la química y la biología, que solían ser una buena herramienta contra el imperio de la subjetividad (ciencias duras les llamábamos).

Si no importa la verdad, si solo importa la utilidad productiva, entonces nuestro éxito dependerá del publicar la mayor cantidad de artículos en el menor tiempo posible, prometiendo en todos ellos el avance hacia la cura de algo. Y en esto hemos caído casi todos, en todas partes del mundo. Además, hemos inventado unas máquinas que son una cosa de locos: escupen en minutos los datos que antes nos hubiera tomado años obtener.

Y esos datos ¡siempre! comprueban nuestras hipótesis más disruptivas y novedosas. Porque la presión por publicar sumada a la demanda de los editores por artículos que revolucionen la biología así lo exige. Hay voces que claman por una ciencia más lenta, más reflexiva, más cautelosa. Pero su discurso suena muy a siglo XX. ¡Esa gente ni tuitea!
Cada año el mundo publica más artículos científicos que el año anterior. Sí, estamos siendo mucho más productivos ¿Sabemos más, entendemos mejor? Sí, pero la sensación es que el avance es menos vertiginoso. Se estima que entre un 40-50% de todo lo que está publicado no puede ser reproducido por otros laboratorios, lo cual es una forma elegante de decir que la mitad de nuestros artículos científicos tienen errores en mayor o menor grado. Está difícil para seguir presentándolos como “unidades de verdad” después de eso, ¿no?

Una alternativa que crece en adeptos es la de la “revisión por pares post-publicación”, que es la puesta en marcha de plataformas digitales para facilitar algo que debería ser connatural a la ciencia: la discusión; el debate basado en argumentos que, de ser posible, están basados a su vez en cálculos o en experimentos.
La publicación de un “paper” no es el final de la historia. Un telón que se baja sobre un tema y luego solo los aplausos (más algún proyecto de investigación financiado). Por el contrario, publicar es compartir los propios hallazgos con el público especializado más amplio posible, habiendo superado ya un cierto filtro que debería ser garantía de solidez, pero que no pretende ser garantía de veracidad

¿Y compartirlos para qué? Pues para que otros los critiquen, los sometan a prueba, los confirmen, los refuten. Recién con el tiempo puede llegar a advertirse que surge una direccionalidad, que hay conocimientos tantas veces confirmados que permiten hablar de un camino que avanza. Resulta que esas piedritas que colocamos en la frontera del camino van cayendo medio desordenadas. Son aportes fundamentales, pero es el tiempo el que las convierte en pavimento.

Puede ser: capaz que me gusta tirar piedras de vez en cuando. Jugar al Sheriff. Prefiero pensar que la ciencia también es acomodar adoquines. Aunque no sé si eso está científicamente demostrado.

 

Una revista nueva

Hay un valor anecdótico adicional que tiene nuestro más reciente artículo, y que está lindo para comentar. El 22 de enero se publicó una nueva revista científica denominada Communications Biology, que es operada por el grupo editorial Nature, y busca posicionarse como una revista multidisciplinaria en biología, pero abierta a artículos de interés confinado a una sola disciplina. Pues resulta que para su lanzamiento la revista publicó inicialmente seis reportes, entre ellos el nuestro. Como muchos científicos estaban expectantes a lo que saliera en el primer número de la revista (on-line, únicamente), esto benefició mucho la difusión de nuestro trabajo.

Desde el lado de la revista, es interesante que hayan apostado a jugarse la primera impresión (que ya lo dice el dicho: es la que cuenta) con un artículo realizado por investigadores uruguayos (colaboración entre la Facultad de Ciencias y la Facultad de Medicina de la Universidad de la República, la Universidad de Lünd en Suecia, y el Institut Pasteur de Montevideo), y que no venía con la pretensión de aportar nuevos maravillosos mecanismos moleculares, sino de corregir algunas cosas respecto de los que ya se conocían. De parte nuestra también hubo algo de apuesta.

Si esta revista deja de existir en poco tiempo (cosa que espero no ocurra dado el grupo que la respalda), poco dique podremos darnos por haber publicado en sitio extinto. Por el contrario, si la revista crece y se vuelve famosa con el tiempo, el nuestro será siempre su artículo número 2 (para gloria de los Cebollitas). Y sí, también los científicos somos adeptos a estas vanidades. Es que somos más normales de lo que nos creemos.

 

*El autor

Juan Pablo Tosar es doctor en Ciencias Biológicas por el PEDECIBA, investigador del PEDECIBA (Química y Biología) y del SNI (ANII). Es Profesor Adjunto de la Unidad de Bioquímica Analítica del Centro de Investigaciones Nucleares (Facultad de Ciencias, Universidad de la República), con Dedicación Total. Además es Investigador Asociado Honorario del Institut Pasteur de Montevideo, trabajando en el Laboratorio de Genómica Funcional con el Dr. Alfonso Catoya, quien fuera su director de tesis doctoral.

Por Juan Pablo Tosar*

El investigador Juan Pablo Tosar reflexiona sobre la importancia del rigor científico y de tomarse el tiempo para hacer los experimentos necesarios.

A nadie le sienta bien el papel de malo de la película —tal vez a Michael Madsen— pero alguien tiene que hacerlo. Cuando me pidieron que comentara sobre nuestro trabajo publicado el lunes 22 de enero en la revista Communications Biology, pensé que podría ser interesante aprovechar para hablar sobre ese costado menos brillante de la ciencia, pero que, como le pasa a la luna, forma parte de su ser.

Antes que eso, contaré qué fue lo que aportamos en esta oportunidad. Lo haré sintético: no aportamos nada nuevo. En serio.
Resulta que hay unas moléculas de ARN muy pequeñas que se llaman piRNAs, y de las que probablemente pocos hayan oído hablar. Pues esos piRNAs son fundamentales para que nuestro genoma no se destruya a sí mismo. Regulan la expresión de unos elementos genéticos móviles llamados transposones, que son como si fueran virus, solo que forman parte de nuestro propio ADN. Los piRNAs los mantienen a raya; son nuestros pequeños salvadores.

Hasta hace poco se creía que, en los mamíferos, esta maquinaría de los piRNAs existía únicamente en testículos y ovarios, pero luego varios grupos de investigación empezaron a describir piRNAs en el cerebro, en la sangre, y en un montón de otras células. Otros laboratorios reportaron que las células tumorales contienen abundantes piRNAs. Así surgía un nuevo horizonte relacionado a estas pequeñas moléculas ¡Emocionante!

Pero entonces llegó el malo de la película, porque reprodujimos el estudio y nos dimos cuenta que esos piRNAs fuera de las gónadas no son piRNAs, sino otros tipos de ARNs que se les parecen. Todos estos autores realmente creían que estaban describiendo piRNAs, pero eso se debía a un problema con las bases de datos y los algoritmos que existen desde hace unos años y que son utilizados para comparar y clasificar una secuencia como piRNA (o descartarla como tal).

Así tiramos un torpedo y se vino abajo un campo de estudio que prometía. Como en el Juego de la Oca (el juego de mesa, no el programa de TV que hizo vibrar a toda mi generación), retrocedimos tres casilleros con nuestro trabajo. ¡Dudoso honor!
Este es, además, el tercer artículo científico que publicamos mostrando cómo errores no apreciados a la hora de interpretar datos de secuenciación masiva han llevado a que se empezaran a asentar como “verdades científicas” ideas muy interesantes y novedosas, pero sobre mecanismos que lamentablemente no ocurren (formalmente: sobre los que no tenemos evidencia clara de que ocurran).

Hay un amigo en el Institut Pasteur de Montevideo que me dice “dejá de jugar al Sheriff”. Lo cierto es que salir a marcar errores en la bibliografía científica es mucho menos excitante que proponer nuevos mecanismos, que publicar grandes descubrimientos (¡qué linda palabra!)

Quisiera que mi epitafio diga: “Fue buen tipo, descubrió tal cosa, y así contribuyó a curar una enfermedad”. Ciertamente no quisiera ser recordado como: “El que tira piedras al trabajo ajeno” (una simpática expresión que me dijeron en un congreso internacional hace un par de años).

Pero, ¡qué le vamos a hacer! Contribuir a generar conocimiento lo más certero posible también es nuestro trabajo, y no todos los experimentos tienen que sí o sí confirmar hipótesis atractivas que sacudan las raíces de los árboles. A veces ir levemente hacia “atrás” aporta más que insistir yendo hacia “adelante” e invertir millones de dólares en experimentos concebidos sobre premisas equivocadas.

Hay una analogía que uso cuando quiero explicarle a mi familia el porqué la obsesión de los científicos por la publicación de artículos. Cuento que el conocimiento es un camino compuesto de adoquines, que nos lleva hacia un lugar al que llamamos verdad. Para los que estudiamos los mecanismos moleculares que operan dentro de una célula, esa realidad es microscópica, pero puede ser abarcada y comprendida aún en su microscópica complejidad.

Para ello uno elabora hipótesis, hace experimentos, interpreta los resultados, concluye, envía al editor de una revista esos resultados; el editor pide la opinión anónima de dos o más expertos en el tema; estos opinan que las conclusiones se ajustan a los resultados, y ¡Voilà! hemos publicado un “paper”. Así denominamos a esos insípidos textos escritos en lenguaje ultra técnico, que son para el científico el equivalente de un gol (hay goles de rebote, de taquito, o hechos con la mano).

Luego explico que estos artículos son los adoquines que, uno delante del otro, van formando el empedrado camino del conocimiento humano. Ahí a los positivistas se les pianta un lagrimón, y a los que traducen todo a mercancía no les cuesta ver que si uno produce artículos, entonces al menos produce algo. Se imaginarán artículos para el hogar, o alguna otra cosa que se pueda comprar y vender. Como los medicamentos.

La analogía funciona y es válida para explicar algunas cosas importantes. El problema es cuando los científicos —o quiénes pretenden entender más a fondo cómo funciona la maquinaria de la ciencia— la tomamos literal, y el cuento de las piedritas nos hace ver a cada artículo científico como una “unidad de verdad”. Antes de publicarlos, la interpretación de mis resultados experimentales puede ser debatida por colegas en un congreso, o por los revisores a quienes el editor pide asesoramiento antes de aceptar o no el trabajo para su publicación. Pero después que está publicado… ¡Amén!
¿Qué es entonces un “paper”? ¿Es una pieza que intenta aproximarnos a una realidad exterior, o es la realidad misma, humanamente construida? Vivimos en lo que algunos han denominado “post-verdad”, y este nuevo paradigma cultural también permea en la física, la química y la biología, que solían ser una buena herramienta contra el imperio de la subjetividad (ciencias duras les llamábamos).

Si no importa la verdad, si solo importa la utilidad productiva, entonces nuestro éxito dependerá del publicar la mayor cantidad de artículos en el menor tiempo posible, prometiendo en todos ellos el avance hacia la cura de algo. Y en esto hemos caído casi todos, en todas partes del mundo. Además, hemos inventado unas máquinas que son una cosa de locos: escupen en minutos los datos que antes nos hubiera tomado años obtener.

Y esos datos ¡siempre! comprueban nuestras hipótesis más disruptivas y novedosas. Porque la presión por publicar sumada a la demanda de los editores por artículos que revolucionen la biología así lo exige. Hay voces que claman por una ciencia más lenta, más reflexiva, más cautelosa. Pero su discurso suena muy a siglo XX. ¡Esa gente ni tuitea!
Cada año el mundo publica más artículos científicos que el año anterior. Sí, estamos siendo mucho más productivos ¿Sabemos más, entendemos mejor? Sí, pero la sensación es que el avance es menos vertiginoso. Se estima que entre un 40-50% de todo lo que está publicado no puede ser reproducido por otros laboratorios, lo cual es una forma elegante de decir que la mitad de nuestros artículos científicos tienen errores en mayor o menor grado. Está difícil para seguir presentándolos como “unidades de verdad” después de eso, ¿no?

Una alternativa que crece en adeptos es la de la “revisión por pares post-publicación”, que es la puesta en marcha de plataformas digitales para facilitar algo que debería ser connatural a la ciencia: la discusión; el debate basado en argumentos que, de ser posible, están basados a su vez en cálculos o en experimentos.
La publicación de un “paper” no es el final de la historia. Un telón que se baja sobre un tema y luego solo los aplausos (más algún proyecto de investigación financiado). Por el contrario, publicar es compartir los propios hallazgos con el público especializado más amplio posible, habiendo superado ya un cierto filtro que debería ser garantía de solidez, pero que no pretende ser garantía de veracidad

¿Y compartirlos para qué? Pues para que otros los critiquen, los sometan a prueba, los confirmen, los refuten. Recién con el tiempo puede llegar a advertirse que surge una direccionalidad, que hay conocimientos tantas veces confirmados que permiten hablar de un camino que avanza. Resulta que esas piedritas que colocamos en la frontera del camino van cayendo medio desordenadas. Son aportes fundamentales, pero es el tiempo el que las convierte en pavimento.

Puede ser: capaz que me gusta tirar piedras de vez en cuando. Jugar al Sheriff. Prefiero pensar que la ciencia también es acomodar adoquines. Aunque no sé si eso está científicamente demostrado.

 

Una revista nueva

Hay un valor anecdótico adicional que tiene nuestro más reciente artículo, y que está lindo para comentar. El 22 de enero se publicó una nueva revista científica denominada Communications Biology, que es operada por el grupo editorial Nature, y busca posicionarse como una revista multidisciplinaria en biología, pero abierta a artículos de interés confinado a una sola disciplina. Pues resulta que para su lanzamiento la revista publicó inicialmente seis reportes, entre ellos el nuestro. Como muchos científicos estaban expectantes a lo que saliera en el primer número de la revista (on-line, únicamente), esto benefició mucho la difusión de nuestro trabajo.

Desde el lado de la revista, es interesante que hayan apostado a jugarse la primera impresión (que ya lo dice el dicho: es la que cuenta) con un artículo realizado por investigadores uruguayos (colaboración entre la Facultad de Ciencias y la Facultad de Medicina de la Universidad de la República, la Universidad de Lünd en Suecia, y el Institut Pasteur de Montevideo), y que no venía con la pretensión de aportar nuevos maravillosos mecanismos moleculares, sino de corregir algunas cosas respecto de los que ya se conocían. De parte nuestra también hubo algo de apuesta.

Si esta revista deja de existir en poco tiempo (cosa que espero no ocurra dado el grupo que la respalda), poco dique podremos darnos por haber publicado en sitio extinto. Por el contrario, si la revista crece y se vuelve famosa con el tiempo, el nuestro será siempre su artículo número 2 (para gloria de los Cebollitas). Y sí, también los científicos somos adeptos a estas vanidades. Es que somos más normales de lo que nos creemos.

 

*El autor

Juan Pablo Tosar es doctor en Ciencias Biológicas por el PEDECIBA, investigador del PEDECIBA (Química y Biología) y del SNI (ANII). Es Profesor Adjunto de la Unidad de Bioquímica Analítica del Centro de Investigaciones Nucleares (Facultad de Ciencias, Universidad de la República), con Dedicación Total. Además es Investigador Asociado Honorario del Institut Pasteur de Montevideo, trabajando en el Laboratorio de Genómica Funcional con el Dr. Alfonso Catoya, quien fuera su director de tesis doctoral.