Twitter Facebook Youtube

Unidad de Bioquímica y Proteómica Analíticas

Unidad mixta Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable/Institut Pasteur de Montevideo

MIEMBROS

  • Rosario Durán, QF., PhD (Investigador Principal; Responsable Interino)
  • Carlos Batthyány, M.D., PhD (Investigador Principal)
  • Madelón Portela, Lic. (Asistente Técnico)
  • Analía Lima, MSc. (Asistente Técnico; estudiante de Doctorado)
  • Jessica Rossello, Msc. (Técnico, estudiante de Doctorado)
  • Bernardina Rivera, BC, Lic. (Técnico, estudiante de Posgrado)
  • Alejandro Leyva, Lic. (Técnico, estudiante de Doctorado)
  • Jorge Rodríguez, Lic. (estudiante de Doctorado)
  • Rosina Dapueto, MSc. (estudiante de Doctorado)
  • Germán Galliussi, Lic. (estudiante de Posgrado)
  • Rosina Toledo, Lic. (estudiante de Posgrado)

Miembros Asociados

  • María Noel Álvarez, PhD (Investigador Asociado, Profesor Adjunto de Bioquímica, Facultad de Medicina, Universidad de la República, Uruguay)
  • Andrés Kamaid, PhD (Investigador asociado)
  • Leonel Malacrida, PhD (Investigador Asociado, Asistente del Departamento de Fisiopatología, Hospital de Clínicas, Facultad de Medicina, Universidad de la República, Uruguay)
  • Virginia López, PhD (Investigador Asociado, Profesor Adjunto del Departamento de Química Orgánica, Facultad de Química y Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Uruguay)

EQUIPOS PRINCIPALES

  • HPLC analítico, Agilent 1200;
  • HPLC capilar, Agilent 1200;
  • Nano HPLC, Easy-nLC 1000, Thermo-Proxeon;
  • Nano HPLC, Ultimate 3000 Thermo;
  • Electroforesis 2D, Sistema de Enfoque Isoeléctrico Ettan IPGphor + Equipo para electroforesis Ettan DaltSix
  • Escaner de Fluorescencia Typhoon FLA 9500, GE Healthcare;
  • Espectrómetro de masa 4800 MALDI TOF/TOF, Abi Sciex;
  • Espectrómetro de masa LTQ Velos + ETD, Thermo;
  • Espectrómetro de masa Q exactive (Q-Orbitrap), Thermo;
  • Colector de microfracciones para sembrado en placa MALDI, Probot LC-Packing;

Espectrómetro de masa MALDI TOF/TOF 4800, Abi Sciex

 

faf

 

 

 

 

 

 

 

Espectrómetro de Masa LTQ Velos acoplado a un nano-LC (Easy nano LC 100), Thermo

 faf2

 

 

 

 

 

 

 

 Espectrómetro de masa Q exactive (Q-Orbitrap), Thermo
exactive-plus-dionex

SERVICIOS

Existen dos maneras principales de acceder a la Unidad:

Existen dos maneras principales de acceder a la Unidad:

 

  1. Análisis de rutina

En esta situación, los usuarios podrán acceder a la UByPA como un “laboratorio con costos por servicio” subvencionado por el Institut Pasteur de Montevideo. La Unidad ofrece este tipo de servicio a investigadores nacionales y de la región, siendo la prioridad los usuarios del Instituto y de la comunidad científica local. Los análisis serán realizados por miembros de nuestro equipo técnico de acuerdo a protocolos estándares y siguiendo procedimientos rutinarios para la interpretación de los datos.

Los análisis de rutina incluyen:

  • Electroforesis bidimensional;
  • Preparación de muestras de proteínas para análisis por MS: digestión en gel, digestión en solución, desalado;
  • Determinación de masa molecular de péptidos y pequeñas proteínas por MS;
  • Identificación de proteínas por MALDI-TOF MS/MS (huella peptídica, MS/MS) y búsqueda en bases de datos

 

Para realizar un análisis de rutina, sírvase contactar al equipo técnico de la Unidad para corroborar disponibilidad ( ubypa@pasteur.edu.uy). Una vez que su solicitud haya sido aceptada, sírvase enviar el formulario correspondiente a nuestra dirección de correo electrónico ( ubypa@pasteur.edu.uy) para agendar el análisis:

 

Formularios:

  1. Determinación de masa molecular de péptidos y proteínas pequeñas por MS
  2. Electroforesis Bidimensional
  3. Identifcación de proteínas por MALDI-TOF MS/MS


  1. Análisis no rutinarios

 

Los trabajos en colaboración con la Unidad son siempre bienvenidos. En este caso, los miembros de la Unidad se involucrarán significativamente en las distintas etapas del proyecto,  incluyendo la concepción y diseño de experimentos y protocolos a medida, el aporte de ideas originales, y el análisis e interpretación de datos más allá de los análisis de rutina.

 

Los análisis no rutinarios incluyen:

  • Preparación de muestras a medida
  • Proteómica de tipo “shotgun”
  • Proteómica basada en electroforesis bidimensional
  • Proteómica comparativa
  • Análisis de Interactomas
  • Análisis de modificaciones postraduccionales
  • Secuenciación de péptidos de novo

 

Sírvase contactarse con nosotros (ubypa@pasteur.edu.uy) para consultas sobre colaboraciones científicas. Se buscará tener gran flexibilidad para acordar, caso por caso, la mejor manera de usar nuestras instalaciones.

 

Guía para la preparación de muestras

 

  • Todo envío de muestras debe ser acordado y la solicitud de análisis correspondiente debe ser enviada previamente a: ubypa@pasteur.edu.uy.
  • Las muestras provenientes del exterior deberán acompañarse de un aviso simultáneo (por correo electrónico o por fax) que permita el seguimiento de su arribo. Se solicita que haya correlación entre el nombre de la persona que hace el contacto por correo electrónico y quien las remite por servicio postal.
  • Las muestras de proteínas pueden enviarse dentro de un micro-tubo de centrifugación tipo eppendorf® de 0.5 o 1.5 mL. Esto incluye a las bandas de geles 1D o los spots recortados a partir de geles 2D. Las muestras de proteínas liofilizadas o desecadas por SpeedVac pueden enviarse también de este modo.
  • Es recomendable usar la tinción de Coomassie para los geles. En caso de utilizar tinción de plata, es importante evitar el uso de glutaraldehído durante la fijación del gel, ya que este procedimiento es incompatible con el análisis por espectrometría de masa.
  • Deben tomarse precauciones especiales durante la preparación y manipulación de geles para evitar contaminación con queratina (y/u otros contaminantes) provenientes de los reactivos y del ambiente.
  • La mejor manera de evitar la contaminación con queratina es usando soluciones frescas especialmente preparadas para geles a ser analizados por espectrometría de masa y trabajar en cámara flujo laminar. Si la muestra contiene cantidades considerables de queratina, los péptidos obtenidos por clivaje tríptico de esta proteína impedirán la detección de otros péptidos presentes en menores concentraciones.
  • Se recomienda el uso de guantes sin polvo y realizar una limpieza exhaustiva de todas las superficies en contacto con el gel con agua de buena calidad (escalpelo, recipientes, etc). También se debe tener la precaución de no re-utilizar ninguna bandeja o cubeta de plástico previamente empleada con soluciones de albúmina, leche en polvo u otras proteínas concentradas. Es recomendable utilizar recipientes nuevos para los procedimientos de tinción y decoloración.

 

La presencia de sales, detergentes, y polímeros interfiere con el análisis de las muestras. Por lo tanto, se recomienda eliminar estas sustancias utilizando procedimientos adecuados (gel filtración, HPLC, diálisis, precipitación, etc.) antes de concentrar o liofilizar la muestra. El uso de sales volátiles, como bicarbonato, formiato o acetato de amonio es altamente recomendable. De ser necesarioel uso de detergentes, se recomienda utilizar octil glucósido ya que interfiere menos con los análisis.

PRECIOS

Precios por servicios de rutina (en dólares americanos, USD) Tarifa vigente a partir del 1 de abril de 2016

Científico Nacional Científico Regional* Científico InternacionalUsuarios Extra-académicos
Determinación de masa molecular 12 36 72
Gel 2D 10*10 cm + tinción 60 240 480
Gel 2D 20*20 cm + tinción consultar consultar consultar
2D Clean Up Kit para purificación 12 48 96
Cuantificación con 2D Quant Kit 8 36 72
Identificación de proteínas por MALDI-TOF/TOF MS 24 60 165
  • *América Latina

 

Preguntas frecuentes acerca de los servicios de rutina

Tengo una proteína que quisiera identificar por espectrometría de masa… ¿Cuáles son los requisitos para ello?

Los dos principales requisitos para poder identificar proteínas por mapeo peptídico por espectrometría de masa son que la proteína provenga de un organismo secuenciado (o que su secuencia sea conocida por el usuario) y que la cantidad sea suficiente (del orden de varios pmoles de muestra, ej un spot claro de plata). Sólo podremos obtener información de secuencia de una proteína si éstá está depositada o si tiene parte de la secuencia común con otras proteínas homólogas secuenciadas.

Tengo una banda de una proteína separada en un gel mono-dimensonal. ¿Uds. pueden identificarla por espectrometría de masa?

Solamente se realizan identificaciones de proteínas separadas por geles mono-dimensionales si se tratan de proteínas previamente purificadas. A partir de mezclas muy complejas separadas únicamente por un gel monodimensional solo podrá identificarse la proteína mayoritaria. No realizamos este análisis ya que es muy trabajosa la identificación y no se logran los resultados esperados. Si éste es su caso le recomendamos realizar un gel bidimensional para separar la(s) proteína(s) de interés.

¿Uds. realizan secuenciación N-terminal?

No realizamos secuenciación N-terminal,  la cual habitualmente se realiza por el método de Edman. La información de secuencia que obtenemos por fragmentación de péptidos trípticos es por comparación con fragmentaciones teóricas de  péptidos en bases de datos. Por lo tanto solo podremos obtener alguna información de secuencia de una proteína si ésta está depositada en bancos de datos o en caso de que la misma tenga parte de la secuencia común con otras proteínas homológas depositadas en bancos de datos. Tampoco realizamos secuenciado “de novo” de péptidos trípticos como análisis de rutina.

El organismo de donde aíslo mi proteína está secuenciado. ¿Uds. pueden confirmar la secuencia total de mi proteína?

Nosotros podemos fragmentar e identificar solamente los péptidos que se observan en un espectro de masa de una digestión enzimática. Esto puede variar entre un 5 a un 80% de la secuencia total de una proteína dependiendo de varios factores (ej. longitud de los péptidos generados, secuencia de los mismos, cantidad total de muestra, complejidad de la muestra, etc.). Por lo tanto, nosotros solo podemos confirmar algunas secuencias de la estructura primaria de la proteína. Es excepcional poder confirmar el 100% de la secuencia.

¿Cómo se puede enviar una banda/spot para ser analizadas?

Para el envío lo mejor es cortar cada spot con el mayor cuidado posible para evitar contaminación con quertina y colocarlo en un eppendorf® sin ningún otro agregado.

¿Cuáles son las recomendaciones para preparar y enviar la muestra?

Por favor, leer Guía de preparación de muestras .

Antes de enviar las muestras es importante completar el formulario correspondiente al tipo de análisis solicitado (y que está disponible “on line”) y enviarlo a esta dirección de correo electrónico, ya que contiene información muy importante para el correcto procesamiento de las muestras (ingresar a Servicios)

¿Cuánto cuesta el análisis?

Los precios de los servicios de rutina se encuentran disponibles Precios.

¿Cómo se realiza el pago del servicio?

En cuanto al cobro, nosotros no gestionamos el mismo. Una vez que la muestra haya sido analizada y el usuario reciba el resultado del análisis, la Administración del Instituto se contactará con Ud. por el cobro.

 

INVESTIGACIÓN

En nuestra Unidad se llevan adelante dos líneas principales de investigación que se detallan a continuación

Vías de señalización en bacterias: una aproximación proteómica (Rosario Durán , PI)

Nuestro interés en los últimos años se ha centrado en el uso de aproximaciones proteómicas para el estudio de vías de señalización en bacterias patógenas humanas, principalmente Mycobacterium tuberculosis y Pseudomonas aeruginosa.

 

Vías de señalización mediadas por fosforilación de proteínas en Mycobacterium tuberculosis

Nuestro trabajo se ha centrado en la caracterización PknG, una Ser/Thr quinasa de proteínas de M. tuberculosis. PknG es un importante factor de virulencia que cumple un rol fundamental en la interacción hospedero-patógeno. Utilizando estrategias proteómicas estamos caracterizando a nivel molecular los efectos de PknG en la bacteria y en el hospedero, así como los mecanismos que regulan la actividad de esta quinasa.  En particular, identificamos una lista de posibles sustratos e interactores de PknG en el las micobacterias y los macrófago mediante estudios interactómicos. Estos candidatos están comenzando a ser validados in vitro e in vivo. A su vez comenzamos a poner a punto técnicas fosfoproteómicas con alta sensibilidad que permitan confirmar los sustratos de esta quinasa y sus sitios de fosforilación.  Por último nos proponemos el estudio de los mecanismos que gatillan la activación/inhibición de PknG. Esta quinasa posee en el extremo amino terminal de su secuencia un motivo rubredoxina (Rbdx), caracterizado por la presencia de un ion metálico (hierro) coordinado a cuatro residuos de cisteína. En muchas bacterias este tipo de dominio participa en reacciones de transferencia de electrones. Nuestros resultados demuestran que la modificación selectiva de cisteínas del dominio rubredoxina por lípidos nitrados electrofílicos es capaz de inactivar PknG in vitro (Gil et al, 2013). Hemos caracterizado el mecanismo de esta inhibición y nos proponemos estudiar la posibilidad de que la modificación de PknG por derivados electrofílicos de ácidos grasos ocurra también en el macrófago activado.

 

Identificación de proteínas que median la adhesión de Pseudomonas aeruginosa a células epiteliales mediante aproximaciones proteómicas

Pseudomonas aeruginosa (PA) es un patógeno oportunista capaz de provocar infecciones crónicas y muerte a individuos imunocomprometidos. La capacidad de formar biofilms está muy relacionada con la cronicidad de la infección. Si bien los mecanismos que regulan la transición de un estilo de vida libre a uno asociado a superficie son aún poco conocidos, se ha visto que el segundo mensajero 3´,5´-diguanilato cíclico (c-di-GMP) tiene un rol clave en este proceso. En efecto, la disminución en los niveles de c-di-GMP inhibe la adhesión y agregación de PA. Sin embargo los blancos moleculares involucrados en el proceso de adhesión de PA a células epiteliales son aún desconocidos. En este trabajo utilizamos aproximaciones proteómicas cuantitativas para identificar el conjunto de proteínas de PA que median la adhesión y agregación a la superficie epitelial. Para ello estamos llevamos a cabo análisis proteómicos comparativos de proteínas de membrana y secretadas en dos poblaciones de PA: WT y aquella con bajos niveles de c-di-GMP. Esta línea de investigación se lleva a cabo en estrecha colaboración con la Dra. A. Kierbel y cuenta con una estudiante de maestría (Becaria ANII) y un proyecto financiado (FCE_3_2013_1_100344 “Análisis proteómico comparativo de dos cepas de P. aeuriginosa con distinta capacidad de adhesión a células epiteliales” (2014-2016))

 

Desarrollo de nuevas estrategias farmacológicas para el tratamiento y la prevención de la aterosclerosis y otras enfermedades inflamatorias relacionadas (Carlos Batthyány, PI)

La aterosclerosis y las enfermedades cardiovasculares constituyen actualmente una epidemia a nivel mundial y la principal causa de muerte en los países desarrollados. En el desarrollo de la placa de ateroma, elemento característico de la aterosclerosis, se reconocen dos factores principales: un proceso inflamatorio crónico a nivel de la pared vascular y la acumulación de lípidos y formación de células espumosas que llegan al sitio de la lesión principalmente a través de la lipoproteína de baja densidad (LDL). La inflamación es un evento clave en el desarrollo de la enfermedad y es mediada por la activación del inflamasoma por señales estériles (por ej., cristales de colesterol) y precede a la acumulación masiva de lípidos en el espacio subendotelial que caracteriza esta enfermedad.

En nuestra línea de trabajo nosotros diseñamos una nueva estrategia farmacológica para el tratamiento y la prevención de la aterosclerosis y otras enfermedades inflamatorias relacionadas. Diseñamos compuestos análogos del alfa-tocoferol (vitamina E) a los cuales les adicionamos un grupo nitroalquenos con probados mecanismos de acción antiinflamatorio (1). La idea subyacente de nuestra innovación es que el compuesto híbrido nitroalqueno-tocoferol se incorpore selectivamente a las lipoproteínas (en particular a las LDL) como lo hace la vitamina E durante su metabolismo normal. Una vez incorporado, el compuesto será transportado a lo largo de todo el organismo, incluyendo las propias lesiones ateroscleróticas donde además se concentrará ya que en las células espumosas en la incorporación de LDL no está regulada por la concentración intracelular de colesterol. Es allí donde, debido a la presencia del grupo nitroalqueno, el compuesto híbrido ejerce sus potentes acciones anti-inflamatorias y anti-aterogénicas:

  • inhibe la secreción de citoquinas proinflamatorias (IL-6, MCP-1, TNFalfa) dependientes del factor de transcipción NFkB;
  • induce la expresión en macrófagos de las enzimas citoprotectoras de fase 2 reguladas por el sistema Nrf2/Keap-1 (HO-1, GCLM, NQO1);
  • inhibe la secreción de la interleuquina 1-beta mediada por el inflamasoma del tipo NLRP3 en macrófagos.

 

En la actualidad estamos culminando los ensayos terapéuticos en modelos animales de enfermedad cardiovascular.

 

EDUCACIÓN – CURSOS

Uno de los principales propósitos de nuestra Unidad es el de contribuir activamente con programas locales y regionales de entrenamiento y educación. En los últimos dos años hemos organizado varios cursos internacionales sobre “Espectrometría de Masa y Proteómica”, los cuales fueron dictados en Uruguay y en otros países de la región:

UNU-BIOLAC & PEDECIBA “Proteome Analysis by Mass Spectrometry”;. 28 de Noviembre  a 2 de Diciembre , 2016. Organizadores: Rosario Durán, Paulo Carvalho & Carlos Batthyány.
• UNU-BIOLAC & RIIP (Institut Pasteur International Network) “Proteome Analysis by Mass Spectrometry”;. 1 a 12 de Setiembre, 2014. Organizadores: Rosario Durán & Carlos Batthyány.
• UNU-Biolac- “Mass Spectrometry (MS) in Proteomics” Institut Pasteur de Montevideo – 26 Noviembre-8 Diciembre, 2012.
• UNU-Biolac – “Métodos Básicos en Proteómica”, Universidad Nacional de Asunción, Asunción del Paraguay, Paraguay, 2010.
• EMBO – “International Practical Course in Mass Spectrometry”, Institut Pasteur de Montevideo, Uruguay, 2010.
• Universidad de Sao Paulo – “Taller sobre La Espectrometría de Masa en la Proteómica”, Facultad de Ciencias Farmacéuticas de Ribeirão Preto, Universidad de São Paulo, Ribeirao Preto, Brasil, 2009.

FINANCIACIÓN

    1. “Development of a novel class of anti-atherogenic agents: electrophilic nitroalkenes-Vitamin E (α-tocopherol) analogs”. (2013 – 2015); CABBIO; PI Carlos Batthyány; Monto USD 30.000.
    2. “N‐Glycan fingerprint of exosomes in Chagas and Cancer diseases”. (2014); Poyectos interdisciplinarios IP Montevideo; Coordinador C. Batthyány, Monto USD 20.000.
    3. Exploring the role of mosquito’s saliva in the transmission of Rift Valley fever” (2012-2014); Actions Concertées Interpasteuriennes (ACIP). Coordinador: V. CHOUMET (Paris). PIs uruguayos: C. Batthyány & R. Durán. Monto: EUR 18.000.
    4. “Caracterización nutricional y de compuestos bioactivos del trigo en Uruguay. Variabilidad de genotipos y ambientes”; (2014 – 2016); FPTA – INIA: Contrato de Servicio PIs C. Batthyány & L. Malacrida; Monto USD 32.000.
    5. “Identification of tumor associated antigens”; (2014 – 2015); Compañia privada: Contrato de Servicio; PIs R. Durán & C. Batthyány; Monto: USD 35.500.
    6. Anti-atherogenic effects and molecular mechanisms of nitroalkene tocopherol analgos: a novel pharmacological approach” (2014-2016); PIs C. Batthyány & H. Botti; Monto: USD 30.000.
    7. Análisis proteómico comparativo de dos cepas de P. aeruginosa con distinta capacidad de adhesión a células epiteliales” (2014-2016); PI: J. Rossello (FCE_3_2013_1_100344); Monto: USD 25.000.
    8. Hacia la elucidación del mecanismo molecular utilizado por PknG para ejercer su rol como factor de virulencia” (2014-2016). PI: M. Gil (FCE_3_2013_1_100358);Monto: USD 20.000.
    9. Surfactante Pulmonar durante la Lesión Pulmonar Aguda: Abordaje estructural, dinámico y funcional (2013 – 2015) CSIC I+D 2012, PI: L. Malacrida, Monto: USD 38.000.
    10. “Redes de señalización mediadas por dominios FHA en micobacterias y su rol en la adaptación al ambiente del hospedero” (2015-2018); PI: R. Durán (FCE_1_2014_1_104045); Monto: USD 50.000
    11. Desarrollo y validación de procesos para el estudio y valorización de nutracéuticos: creación de la primer empresa uruguaya del tipo “Contract of Research Organization”. (2016-2018); C. Batthyany (ALI_2-2014-1-5055); Monto: USD 302.000
    12. Development, synthesis and characterization of novel anti-inflammatory compounds”. (2016-2018); C. Batthyany, V. López, C. Escande (CITES, http://cites-gss.com/); Monto: USD 630.000.

 

PUBLICACIONES

Patentes

  1. “Methods of treatment of inflammation related conditions using pluripotent anti-inflammatory and metabolic modulators”; inventors Batthyany, C., Lopez, G.V., Escande, C., Porcal, W., Dapueto, R., Rodriguez, R., Galliussi, G., and Garat, M.P. 2016. USA patent provisional application; to be assigned.
  2. “Trolox derivatives and methods of use thereof in the treatment and prevention of inflammation related conditions”; inventors Batthyany, C., Lopez, G.V., Dapueto, R., Escande, C., and Rodriguez, R. 2016. USA patent non-provisional application; to be assigned.
  3. “System, Method and Device for Identifying Discriminant Biological Factors and for Classifying proteomic profiles”; inventors Carvalho PC, Batthyany C, Silva A; Lima D; Leyva A; Barbaosa V; Durán, R. 2016, USA provisional patent application; to be assigned
  4. “Tocopherol and Analogs for Use in the Treatment and Prevention of Inflammation Related Conditions”; (U.S. PCT Application WO 2015/073527 A1; 2015; co-inventores C.Batthyany & G.V.López).
  5. “Composition and Method for Inhibition of PknG from Mycobacterium Tuberculosis”; (U.S. PCT Application WO 2014; co-inventores C.Batthyany & R. Durán).

Artículos

 

  • Cabrera G, Lundberg U, Rodríguez-Ulloa A, Herrera M, Machado W, Portela M, Palomares S, Espinosa LA, Ramos Y, Durán R, Besada V, Vonasek E, González LJ  Protein content of the Hylesia metabus egg nest setae (Cramer [1775]) (Lepidoptera: Saturniidae) and its association with the parental investment for the reproductive success and lepidopterism. J Proteomics 150:183-200 (2017).
  • Batthyány C, Bartesaghi S, Mastrogiovanni M, Lima A, Demicheli V, Radi R.
    Antioxid Redox Signal. 2017 Mar 1;26(7):313-328. doi: 10.1089/ars.2016.6787. Epub 2016 Jul 22.
    Tyrosine-Nitrated Proteins: Proteomic and Bioanalytical Aspects.
  • Folle AM, Kitano ES, Lima A, Gil M, Cucher M, Mourglia-Ettlin G, Iwai LK, Rosenzvit M, Batthyány C, Ferreira AM. PLoS Negl Trop Dis. 2017 Jan 3;11(1):e0005250. doi: 10.1371/journal.pntd.0005250. eCollection 2017.
    Characterisation of Antigen B Protein Species Present in the Hydatid Cyst Fluid of Echinococcus canadensis G7 Genotype.
  • Silva AR, Lima DB, Peña A, Duran R, Batthyany C, Aquino PF, Leal JC, Rodriguez JE, Domont GB, Santos MD, Chamot-Rooke J, Barbosa VC, Carvalho PC  DiagnoProt: a tool for discovery of new molecules by mass spectrometry. Bioinformatics. Feb 10. doi: 10.1093/bioinformatics/btx093 (2017).
  • Fló M, Margenat M, Pellizza L, Graña M, Durán R, Báez A, Salceda E, Soto E, Alvarez B, Fernández C.Functional diversity of secreted cestode Kunitz proteins: Inhibition of serine peptidases and blockade of cation channels. PLoS Pathog. 13(2):e1006169 (2017) .
  •  Demicheli, D.M. Moreno, G.E . Jara ,A. Lima, S. Carballal , N. Ríos, C. Batthyany , G  Ferrer-Sueta , C.  Quijano ,  D.A. Estrı́n,  M.A. Martí, R.  Radi. Mechanism of the Reaction of Human Manganese Superoxide Dismutase with Peroxynitrite: Nitration of Critical Tyrosine 34. Biochemistry. 55 (2016) 3403-3417.
  • E. Dieterle, J. Fina Martin, R. Durán, S.I. Nemirovsky, C. Sanchez Rivas, C. Bowman, D. Russell, G.F. Hatfull, C. Cambillau, M. Piuri. Characterization of prophages containing “evolved” Dit/Tal modules in the genome of Lactobacillus casei BL23, Applied Microbiology and Biotechnology 100 (2016) 9201-9215.
  • Cabrera, U. Lundberg, A. Rodriguez-Ulloa, M. Herrera, W. Machado, M. Portela, S. Palomares, L.A. Espinosa, Y. Ramos, R. Duran, V. Besada, E. Vonasek, L.J. Gonzalez. , Protein content of the Hylesiametabus egg nest setae (Cramer [1775]) (Lepidoptera: Saturniidae) and its association with the parental investment for the reproductive success and lepidopterism, J Proteomics 150 (2016) 183-200.
  • Wagner, T., Alexandre, M., Durán, R., Barilone, N., Wehenkel, A., Alzari, P.M.& Bellinzoni, M.. The crystal structure of the catalytic domain of the ser/thr kinase PknA from tuberculosis shows an Src-like autoinhibited conformation. Proteins 83:982-988.(2015).
  • Lisa, M.N., Gil, M., André-Leroux, G., Barilone, N., Durán, R., Biondi, R.M. & Alzari, P.M.. Molecular Basis of the Activity and the Regulation of the Eukaryotic-like S/T Protein Kinase PknG from Mycobacterium tuberculosis. Structure 23:1039-1048. (2015).
  • Margenat ,M., Labandera, A.M., Gil, M., Carrion, F., Purificação, M., Razzera, G., Portela, M.M., Obal, G., Terenzi, H., Pritsch, O., Durán, R., Ferreira, A.M. & Villarino, A. New potential eukaryotic substrates of the mycobacterial protein tyrosine phosphatase PtpA: hints of a bacterial modulation of macrophage bioenergetics state. Sci. Rep.5: 8819. (2015).
  • Yunes Quartino, P.J., Portela, M., Lima, A., Durán, R., Lomonte, B. & Fidelio, G.D. 2015. A constant area monolayer method to assess optimal lipid packing for lipolysis tested with several secreted phospholipase A2. Biochim Biophys Acta.1848: 216-224.
  • Randall, L. M., Manta, B., Hugo, M., Gil, M., Batthyány, C., Trujillo, M., Poole, L. B., and Denicola, A. Nitration transforms a sensitive peroxiredoxin 2 into a more active and robust peroxidase, The Journal of biological chemistry 289, 15536-15543. (2014).
  • Dieterle, M. E., Bowman, C., Batthyány, C., Lanzarotti, E., Turjanski, A., Hatfull, G., and Piuri, M. (2014) Exposing the secrets of two well known Lactobacillus casei phages: Genomic and structural analysis of J-1 and PL-1, Applied and environmental microbiology. 80(22):7107-21.
  • Mon, M.L., Moyano, R.D., Viale, M.N., Colombatti Olivieri, M.A., Gamietea, I.J., Montenegro, V.N., Alonso, B., Santangelo, M.D.L.P., Singh, M., Durán, R., Romano, M.I. Evaluation of cocktails with recombinant proteins of mycobacterium bovis for a specific diagnosis of bovine tuberculosis BioMed Research International, 2014, art. no. 140829. (2014).
  • Martinez, A., Peluffo, G., Petruk, A.A., Hugo, M., Piñeyro, D., Demicheli, V., Moreno, D.M., Lima, A., Batthyány, C., Durán, R., Robello, C., Martí, M.A., Larrieux, N., Buschiazzo, A., Trujillo, M., Radi, R., Piacenza, L. Structural and molecular basis of the peroxynitrite-mediated nitration and inactivation of Trypanosoma cruzi iron-superoxide dismutases (Fe-SODs) A and B: Disparate susceptibilities due to the repair of Tyr35 radical by Cys83 in Fe-SODB through intramolecular electron transfer. Journal of Biological Chemistry, 289: 12760-12778. (2014).
  • Alvarez G, Aguirre-López B, Cabrera N, Marins EB, Tinoco L, Batthyány CI, de Gómez-Puyou MT, Puyou AG, Pérez-Montfort R, Cerecetto H, González M. 1,2,4-thiadiazol-5(4H)-ones: a new class of selective inhibitors of Trypanosoma cruzi triosephosphate isomerase. Study of the mechanism of inhibition. J Enzyme Inhib Med Chem. 28:981-9 (2013).
  • Gil, M., Graña, M., Schopfer, F. J., Wagner, T., Denicola, A., Freeman, B. A., Alzari, P. M., Batthyány, C., and Durán, R. Inhibition of Mycobacterium tuberculosis PknG by non-catalytic rubredoxin domain specific modification: reaction of an electrophilic nitro-fatty acid with the Fe-S center, Free Radical Biology & Medicine 65: 150-161. (2013).
  • Basika T; Muñoz N; Casaravilla C; Irigoin F; Batthyany, C.; Bonilla M; Salinas, G; Pacheco JP; Roth J; Durán, R; Díaz A. (2012). Phagocyte-specific S100 proteins in the local response to the Echinococcus granulosus larva. Parasitology, 139: 271-283.
  • Obal, G.; Ramos, A. L.; Silva, V.; Lima, A.; Batthyány, C.; Bessio, M.L.; Ferreira, F.; Salinas, G.; Ferreira, A. (2012). Characterisation of the native lipid moiety of Echinococcus granulosus antigen B. PLoS Neglected Tropical Diseases, v.: 6 5.
  • Bonacci G, Baker PR, Salvatore SR, Shores D, Khoo NK, Koenitzer JR, Vitturi DA, Woodcock SR, Golin-Bisello F, Cole MP, Watkins S, St Croix C, Batthyany CI, Freeman BA, Schopfer FJ. (2012). Conjugated linoleic acid is a preferential substrate for fatty acid nitration. J Biol Chem. 287(53):44071-82.
  • Laschuk A, Monteiro KM, Vidal NM, Pinto PM, Duran R, Cerveñansky C, Zaha A, Ferreira HB. Proteomic survey of the cestode Mesocestoides corti during the first 24 hours of strobilar development. Parasitol Res. 108, 645-56 (2011).
  • Binolfi A, Valiente-Gabioud AA, Durán R, Zweckstetter M, Griesinger C, Fernandez CO Exploring the Structural Details of Cu(I) Binding to α-Synuclein by NMR Spectroscopy. Am. Chem. Soc., 133 :194–196 (2011).
  • Bonacci G, Schopfer FJ, Batthyany CI, et al. Electrophilic Fatty acids regulate matrix metalloproteinase activity and expression. J Biol Chem  286:16074-81(2011).
  • Lima A, Durán R, Schujman G, Marchissio MJ, Portela MM, Obal G, Pritsch O, de Mendoza D, Cerveñansky C. Serine/threonine protein kinase PrkA of the human pathogen Listeria monocytogenes: Biochemical characterization and identification of interacting partners through proteomic approaches. J Proteomics 74:1720-34 (2011).
  • Garavaglia PA, Cannata JJ, Ruiza AM, Maugeric D, Durán R, Galleanoe M,  García GA. Identification, cloning and characterization of an aldo-keto reductase from Trypanosoma cruzi with quinone oxidoreductase activity. Mol Biochem Parasitol. 173, 131-141 (2010).
  • Binolfi A, Rodriguez EE, Valensin D, D’Amelio N, Ippoliti E, Obal G, Durán R, Magistrato A, Pritsch O, Zweckstetter M, Valensin G, Carloni P, Quintanar L, Griesinger C, Fernández CO.  Bioinorganic chemistry of Parkinson’s disease: structural determinants for the copper-mediated amyloid formation of alpha-synuclein.  Inorg Chem. 49:10668-79 (2010).
  • Schopfer FJ, Cole MP, Groeger AL, Chen CS, Khoo NK, Woodcock SR, Golin-Bisello F, Motanya UN, Li Y, Zhang J, Garcia-Barrio MT, Rudolph TK, Rudolph V, Bonacci G, Baker PR, Xu HE, Batthyany CI, Chen YE, Hallis TM, Freeman BA. Covalent peroxisome proliferator-activated receptor gamma adduction by nitro-fatty acids: selective ligand activity and anti-diabetic signaling actions. J Biol Chem 285:12321-33 (2010).
  • Khoo NK, Rudolph V, Cole MP, Golin-Bisello F, Schopfer FJ, Woodcock SR, Batthyany C, Freeman BA. Activation of vascular endothelial nitric oxide synthase and heme oxygenase-1 expression by electrophilic nitro-fatty acids. Free Radic Biol Med 48:230-9 (2010).
  • Palacios F, Cota G, Horjales S, Lima A, Battistoni J, Sotelo-Silveira J, Marín M. An antibody-based affinity chromatography tool to assess Cu,Zn superoxide dismutase (SOD) G93A structural complexity in vivo. Biotechnol J. 5:328-34 (2010).
  • Celano L; Gil M,  Carballal S; Durán, R; Denicola A; Banerjeef R; Alvarez, B. nactivation of cystathionine;-synthase with peroxynitrite. Arch Biochem Biophys. 491, 1-2 (2009).
  • González S; Fló M; Margenat M; Durán, R; Gonzalez G; Graña, M.; Parkinson J; Maizels RM; Salinas G; Alvarez, B, Fernández C.A Family of Diverse Kunitz Inhibitors from Echinococcus granulosus Potentially Involved in Host-Parasite Cross-Talk PLoS ONE17, 4(9):e7009. (2009).
  • Sánchez G, Colettis N, Vázquez P, Cerveñansky C, Aguirre A, Quillfeldt JA, Jerusalinsky D, Kornisiuk E Muscarinic inhibition of hippocampal and striatal adenylyl cyclase is mainly due to the M(4) receptor. Neurochem Res. 34:1363-71 (2009).
  • Sánchez G, Alvares Lde O, Oberholzer MV, Genro B, Quillfeldt J, da Costa JC, Cerveñansky C, Jerusalinsky D, Kornisiuk E. M4 muscarinic receptors are involved in modulation of neurotransmission at synapses of Schaffer collaterals on CA1 hippocampal neurons in rats J Neurosci Res.87:691-700 (2009).
  • Díaz A, Fontana EC, Todeschini AR, Soulé S, González H, Casaravilla C, Portela M, Mohana-Borges R, Mendonça-Previato L, Previato JO, Ferreira F. The major surface carbohydrates of the Echinococcus granulosus cyst: mucin-type O-glycans decorated by novel galactose-based structures. Biochemistry15;48(49):11678-91 (2009).
  • Schopfer FJ, Batthyany C, Baker PR, et al. Detection and quantification of protein adduction by electrophilic fatty acids: mitochondrial generation of fatty acid nitroalkene derivatives. Free Radic Biol Med  46:1250-9 (2009).
  • Ferreira AM, Ferrari MI, Trostchansky A, Batthyany C, Souza JM, Alvarez MN, López GV, Baker PR, Schopfer FJ, O’Donnell V, Freeman BA, Rubbo H. Macrophage activation induces formation of the anti-inflammatory lipid cholesteryl-nitrolinoleate. Biochem J  417:223-34 (2009).
  • Wehenkel A, Bellinzoni M, Graña M, Durán R, Villarino A, Fernandez P, Andre-Leroux G, England P, Takiff H, Cerveñansky C, Cole ST, Alzari PM. Mycobacterial Ser/Thr protein kinases and phosphatases: physiological roles and therapeutic potential. Biochim Biophys Acta. 1784, 193-202 (2008).
  • Turell L, Botti H, Carballal S, Ferrer-Sueta G, Souza JM, Durán R, Freeman BA, Radi R, Alvarez B. Reactivity of sulfenic acid in human serum albumin.. Biochemistry 47, 358-367 (2008).
  • Irañeta S G, Acosta DM,  Durán R, Apicella C, Orlando UD,  Seoane MA, Alonso A and  Duschak VG. MALDI-TOF MS analysis of labile Lolium perenne major allergens in mixes.  Clin Exp Allergy 38, 1391-1399 (2008).
  • Cancela M., Acosta D., Rinaldi G, Silva, E., Durán, R., Roche L., Zaha, A., Carmona, C., Tort, J.F. A distinctive repertoire of cathepsins is expressed by juvenile invasive fasciola hepatica. Biochimie 90,1461-1475 (2008).
  • Binolfi A, Lamberto GR,  Durán,R,  Quintanar L, Bertoncini CW,  Souza JM, Cerveñansky C,  Zweckstetter M, Griesinger C,  Fernández C.O. Site-specific interactions of Cu(II) with synucleins: bridging the molecular gap between metal binding and aggregation. Am. Chem. Soc. 130, 11801-11812  (2008).
  • O´Hare, H; Durán, R; Cerveñansky,C,  Bellinzoni, M.; Wehenkel, A.; Pritsch, O.; Obal, G; Baumgartner, J; Johnsson,K; Alzari, PM. Regulation of glutamate metabolism by protein kinases in mycobacteria. MolecularMicrobiology 70, 1408-1423 (2008).
  • Souza JM, Castro L, Cassina AM, Batthyany C, Radi R. Nitrocytochrome c: synthesis, purification, and functional studies. Methods Enzymol;441:197-215 (2008).
  • Kelley EE, Batthyany CI, Hundley NJ, et al. Nitro-oleic acid, a novel and irreversible inhibitor of xanthine oxidoreductase. J Biol Chem 283: 36176-84 (2008).
  • Diehl, F, Furstenau de Oliveira, L, Sánchez, G, Camboim, C, de Oliveira Alvares,L, Bispo Lanziotti, V, Cerveñansky, C, Kornisiuk, E, Jerusalinsky, D y Quillfeldt, J A. Facilitatory effect of the intra-hippocampal pre-test administration of MT3 in the inhibitory avoidance task. Behavioural Brain Research 177:221-231 (2007).
  • Parodi-Talice A, Monteiro-Goes V, Arrambide N, Avila AR, Durán R, Correa A, Dallagiovanna B, Cayota A, Krieger M, Goldenberg S, Robello C. Proteomic analysis of metacyclic trypomastigotes undergoing Trypanosoma cruzi metacyclogenesis.  Mass Spectrom. 42, 1422-1432 (2007).
  • Lopez, G. V., Blanco, F., Hernandez, P., Ferreira, A., Piro, O. E., Batthyany, C., Gonzalez, M., Rubbo, H., and Cerecetto, H. Second generation of alpha-tocopherol analogs-nitric oxide donors: Synthesis, physicochemical, and biological characterization. Bioorg Med Chem 15, 6262-72, (2007).

CONTACTO

 ubypa@pasteur.edu.uy