Procesamiento de señales

>>>Procesamiento de señales

El Laboratorio de Procesamiento de Señales es un grupo interdisciplinario con foco en la investigación en procesamiento de señales e imágenes biomédicas con especial interés en la microscopía. Asimismo busca la formación de habilidades en procesamiento de imágenes de investigadores provenientes de las ciencias de la vida de forma de establecer un lenguaje común y una visión crítica en estas técnicas.

El procesamiento de señales ofrece un enfoque objetivo que permite automatizar y sistematizar el análisis de datos generados por el amplio espectro de técnicas y equipos utilizados en el IP Montevideo, desde la cuantificación de imágenes de microscopía hasta datos de secuencias genómicas. Una aproximación interdisciplinaria permite desarrollar metodologías y algoritmos que incorporan en todas las etapas de la investigación el conocimiento de las diferentes disciplinas.

En este grupo participan miembros del Departamento de Procesamiento de Señales de la Facultad de Ingeniería (Udelar) y del Institut Pasteur de Montevideo.


Dr Ing. Federico Lecumberry

Responsable
Profesor Agregado del Departamento de Procesamiento de Señales, Instituto de Ingeniería Eléctrica, Facultad de Ingeniería, Universidad de la República

https://iie.fing.edu.uy/personal/fefo/publications/


Ing Martín Etchart

Ingeniero Electricista, estudiante de Maestría en Ingeniería Eléctrica

Mauricio Ramos

Estudiante de Ingeniería Eléctrica

Alfredo Solari

Estudiante de Ingeniería Eléctrica

Daniel Soria

Estudiante de Ingeniería Eléctrica
  • Procesamiento de imágenes biomédicas
    Desarrollo e integración de algoritmos y herramientas para la cuantificación y análisis de imágenes provenientes de diversas fuentes de imagenología en biomedicina: microscopía óptica, de fluorescencia, electrónica, o sistema de in-vivo imaging. Algunas líneas y aplicaciones realizadas son: detección y cuantificación largo y fluorescencia de cilios primarios, detección de parásitos y cálculo de índice de infección, seguimiento de trayectorias de neutrófilos, cuantificación de la dinámica de fluorescencia en diferentes tratamientos de células y tejidos, reconstrucción de estructuras tridimensionales, entre otras. A través de la Unidad de Microscopía del IPMon se colabora con investigadores de varios grupos dentro del IPMon y con investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de la República.

  • Procesamiento de señales aplicado a la bioinformática
    Análisis de datos genómicos y aplicación de métodos de aprendizaje automático para el análisis y visualización de la evolución de virus o la identificación de proteínas con capacidad fusogénica. En esta línea se trabaja en colaboración con la Unidad de Bioinformática y del Instituto de Matemáticas de la Facultad de Ingeniería.

  • Curso de posgrado “Procesamiento de Imágenes para Biología y Medicina” (PIMBIO). Facultad de Ingeniería; Julio 2016 y noviembre 2017. Organizador: Departamento de Procesamiento de Señales. Responsable: Federico Lecumberry.

  • Curso regional y de posgrado “Processing and Analysis of Fluorescence Microscopy Images”. Institut Pasteur de Montevideo; marzo 2016. Organizador: Unidad de Microscopía (IPMon).

  • Tutorial “Bases para el Procesamiento y Análisis de Imágenes”. Institut Pasteur de Montevideo; noviembre 2017. Organizador: Laboratorio de Procesamiento de Señales.

  • “Diseño de biosensores para monitoreo simultáneo de señalización redox y cAMP: Desde la computadora a la célula y vuelta a la computadora” (10/2015 – a la fecha)

  • Kinesin 1 regulates cilia length through an interaction with the Bardet-Biedl syndrome related protein CCDC28B Rossina Novas, Magdalena Cardenas-Rodriguez, Paola Lepanto, Matías Fabregat, Magela Rodao, Maria Ines Fariello, Mauricio Ramos, Camila Davison, Gabriela Casanova, Lucía Alfaya, Federico Lecumberry, Gualberto González-Sapienza, Florencia Irigoin, José L. Badano Scientific Reports, Volume 8, Number 3019, page 1–16 – Feb. 2018

  • Quantification of structural changes in the rodent somatosensory cortex. Mauricio Ramos, Javier Nogueira, Diego Méndez, Federico Lecumberry. XIV Congreso CIASEM 2017, Varadero, Cuba, 25-29 sep – 2017

  • – Similarity measure for cell membrane fusion proteins identification. Daniela Megrian, Pablo S. Aguilar, Federico Lecumberry. Progress in Pattern Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications : 21st Iberoamerican Congress, CIARP 2016, Lima, Perú, November 8-11, 2016, Lecture Notes in Computer Science, Springer, , page 257–265 – 2016.

  • Medida del largo de cilias primarias : Un plugin para ImageJ. Mauricio Ramos, Paola Lepanto, Florencia Irigoin, Federico Lecumberry. Acta Microscópica, Volume 25 Supp A – 2016.

  • A confocal microscopy image analysis method to measure adhesion and internalization of Pseudomonas aeruginosa multicellular structures into epithelial cells. Paola Lepanto, Federico Lecumberry, Jéssica Rossello, Arlinet Kierbel. Molecular and Cellular Probes, Volume 28, Number 1, page 1-5. Feb. 2013.