La proteómica integrada a la ciencia nacional
Con un impulso importante en la cantidad de colaboraciones en las que la proteómica tiene un fuerte impacto, y con su equipo como participantes activos desde la concepción de los experimentos hasta el análisis riguroso los datos, la Unidad de Bioquímica y Proteómica Analíticas (UByPA) mira hacia los próximos años buscando acompasar los avances de la proteómica, un área que cambia muy rápidamente.
Sobre el presente de la UByPA, la proteómica espacial y la proteómica clínica como dos de las áreas prioritarias en el futuro cercano y otros desafíos habló Rosario Durán, responsable de esta unidad, en la siguiente entrevista.
Estás en el IP Montevideo desde su origen. ¿Cómo ves al instituto en general casi 17 años después?
Veo que sigue progresando. El ambiente ha mejorado en estos últimos años, así como las perspectivas que tienen los jóvenes, las posibilidades de crecimiento y eso ha sido un cambio súper importante. Creo que quedó demostrado en las Jornadas Científicas 2023: la calidad científica del trabajo que está haciendo el instituto es muy buena y sigue mejorando.
Supongo que la UByPA no es ajena a ese contexto. ¿Qué análisis hacés en particular del trabajo que ha venido haciendo la unidad en los últimos años?
Sí, los cambios buenos y globales del instituto han impactado en la UByPA. En particular en la unidad, en los últimos años nos hemos enfocado en cambiar la forma en la que trabajamos buscando obtener un mayor impacto científico del equipamiento que hoy tenemos disponible, y también impulsando que se usen estrategias proteómicas más novedosas o elaboradoras para resolver problemas más desafiantes.
En 2019 se realizaron talleres para discutir sobre las unidades tecnológicas del instituto en el marco del plan estratégico que en ese entonces estaba en construcción. Y recuerdo que allí planteamos nuestra visión de que se estaban subutilizando las capacidades que teníamos disponibles en UByPA, tanto en equipos como en recursos humanos formados. Nuestro diagnóstico fue que en nuestra unidad teníamos capacidad para hacer más cosas, de aportar más, y sin embargo no lo estábamos haciendo. Se hacían muchos análisis, muy básicos, y la mayoría de los proyectos institucionales, o de la comunidad académica nacional, no incorporaban las aproximaciones proteómicas novedosas.
Hoy puedo decir que en los últimos años está situación se revirtió, y actualmente estamos trabajando en un gran número de colaboraciones en las que la proteómica tiene un fuerte impacto, y en las que los integrantes de la unidad participan desde la concepción de los experimentos hasta el análisis riguroso y no convencional de los datos.
Un indicador de este reposicionamiento de la UByPA es el gran número de proyectos presentados en las últimas convocatorias nacionales, fundamentalmente por científicos jóvenes, en las que los investigadores y técnicos de la unidad forman parte del equipo de trabajo. Esto, por un lado, hace justicia al aporte que los integrantes de nuestra unidad realizan para responder a las principales preguntas de los proyectos. Y también asegura que se obtendrán los mejores resultados del equipamiento que nos toca administrar.
Otro indicador muy importante para nosotros fue el involucramiento de la unidad en un gran número de postulaciones a los llamados de investigadores adjuntos senior que incluían un capítulo proteómico importante, lo que nos permitió acompañar la estrategia del instituto de impulsar la carrera de jóvenes científicos.
Globalmente veo a la UByPA mucho más integrada al instituto y a la academia nacional, y haciendo aportes importantes en diversas líneas de investigación.
Uno de los objetivos establecidos en el Plan Estratégico 2020-2025 del instituto es el de la actualización y redimensión de las unidades tecnológicas. ¿Cuáles considerás que han sido los principales cambios —ya transcurriendo el tercer año de este período— asociados a la búsqueda de este objetivo estratégico?
Creo que en estos últimos años se ha logrado un reposicionamiento de las unidades tecnológicas en la interna del instituto, una revalorización del trabajo que allí se realiza y fundamentalmente del rol de los técnicos especializados. Esto quedó claramente demostrado en las Jornadas Científicas, porque tanto en las charlas como en las sesiones de posters se puso de manifiesto la contribución fundamental que los integrantes de las unidades tecnológicas están haciendo a las principales líneas de investigación del instituto.
Otro logro muy importante fue la incorporación de la carrera técnica como parte del nuevo escalafón académico del instituto. Hoy hay seis niveles que van desde el ayudante técnico hasta el técnico responsable senior, y cada uno tiene sus requisitos y responsabilidades claramente establecidos. Esto se incorporó, además, en el marco del Programa de Nivelación Académica y Mejora Salarial con Perspectiva de Género, lo que permitió una equiparación de los técnicos de acuerdo con su formación. Creo que todo esto redundó en un sistema más justo y transparente que tuvo gran impacto en el ambiente laboral dentro de las unidades tecnológicas del IP Montevideo.
Aunque son muchos los avances en este objetivo estratégico, eso no quiere decir que todavía no quedan varias cosas por hacer. Tenemos que lograr oportunidades en el futuro para que el personal de las unidades tecnológicas siga progresando. Y —si bien ya se han incorporado algunas— tenemos que trabajar para incorporar nuevas tecnologías, algunas muy costosas, pero que son fundamentales para mantenernos actualizados. Pero vamos por buen camino.
¿Por qué, considerando el rol que cumplen los técnicos en las instituciones científicas, no es usual que existan sistemas para que puedan hacer carrera?
Es cierto que generalmente el técnico queda un poco relegado y no tiene una carrera. Creo que en el IP Montevideo surgió porque era una necesidad, porque este instituto se formó en torno a las plataformas tecnológicas. Los técnicos siempre fueron fundamentales y no tenían una perspectiva hacia dónde crecer. En un congreso internacional en el que participamos con Carlos Batthyány y Alejandro Buschiazzo —International Conference on Research Infrastructures— comentamos sobre la incorporación de la carrera técnica en el instituto y para muchos de los investigadores de distintos países resultó un logro importante, porque ellos están luchando para que también exista en sus instituciones y que el rol del técnico sea reconocido.
Yo no era consciente de que era algo poco usual. Por suerte, mucha gente me comentó sobre lo buena que es esta iniciativa.
Has estado colaborando activamente con los investigadores Pedro Alzari y Anne Marie Wehenkel, del Institut Pasteur de París. Ahora uno de los nuevos posdocs institucionales, Marlon Días, viene desde Fiocruz en Brasil. ¿Qué importancia tiene, en cuanto a la calidad de la investigación que se hace desde UByPA, la constante colaboración científica a nivel internacional?
Sin duda, las dos colaboraciones que mencionás han tenido un enorme impacto, no solo en la calidad de la investigación que hacemos en la unidad, sino también en la investigación de un gran número de grupos locales con los que colaboramos a través de la unidad tecnológica.
Ambos grupos tienen una formación que es muy complementaria a la nuestra y trabajan en áreas para las cuales hay poca o ninguna experiencia en nuestro medio. Pero, además, trabajan de forma muy rigurosa y producen ciencia de alta calidad.
El grupo de Paulo Carvalho en Fiocruz Paraná (grupo del cual viene Marlon) se especializa en proteómica computacional, y en conjunto estamos generando herramientas que nos permiten obtener información biológicamente relevante a partir de los grandes sets de datos proteómicos. Este es uno de los principales intereses de nuestra unidad y es un requerimiento de muchos de nuestros usuarios y colaboradores. Cabe destacar que el análisis bioinformático de datos proteómicos es un área en la cual hoy no hay investigadores formados en el país. Por lo tanto, no tengo duda de que la incorporación de Marlon como posdoc tendrá un impacto muy grande en los proyectos de investigadores nacionales que hacen uso de la proteómica.
Por otro lado, nuestra colaboración con el grupo del Institut Pasteur de París nos ha permitido abordar preguntas que antes no podíamos hacernos, y sobre todo ha permitido a nuestros investigadores, técnicos y estudiantes integrarse a un equipo multidisciplinario en el que se hace muy buena ciencia. En conjunto hemos desarrollado herramientas para estudiar interacciones de proteínas in vivo basadas en espectrometría de masa y que estamos usando para entender cómo se dividen y crecen algunas bacterias de importancia médica e industrial.
Esto es posible gracias a la calidad científica del grupo dirigido por Wehenkel, dada su experiencia en biología molecular y celular de corinebacterias, y a las estrategias proteómicas desarrolladas por la unidad que han permitido generar nuevas hipótesis de trabajo. Para impulsar esta colaboración fue de suma importancia un proyecto ECOS-Sud, que nos permitió un intercambio fluido de estudiantes e investigadores durante tres años. Y ahora estamos postulando a una unidad internacional de Pasteur Network, que esperamos nos permita consolidar esta colaboración que ha sido, desde nuestro punto de vista, extremadamente fructífera.
Finalmente, me parece importante resaltar que la clave para el éxito de estas colaboraciones no está solo en la complementariedad y la calidad de la ciencia que los grupos participantes, sino también en el ambiente fraternal y motivador en que se desarrollan. Ambos grupos son extremadamente generosos con sus conocimientos y muy respetuosos del trabajo ajeno, y eso es algo fundamental, aunque no tan frecuente.
¿Qué rumbo quisieras que transite UByPA en los próximos años y también a largo plazo? ¿Qué metas te gustaría alcanzar?
Creo que principalmente la UByPA debería seguir acompasando los avances de la proteómica, que es un área que cambia muy rápidamente, para generar nuevo conocimiento y colaborar con proyectos de investigación.
Esto ya de por sí es un gran desafío. Por un lado, implica estar actualizados en equipamiento, lo que hasta ahora ha sido posible gracias a la inversión sostenida del instituto, pero también en los nuevos desarrollos y potencialidades de la proteómica. En particular, menciono dos de las áreas que vislumbramos como prioritarias en el futuro cercano y en las que ya estamos trabajando: la proteómica espacial y la proteómica clínica.
La primera es el foco de nuestra propia línea de investigación en interatómica bacteriana y la colaboración con el Institut Pasteur de París. Con respecto a la segunda, por la iniciativa de Otto Pritsch, estamos trabajando desde hace varios años en el desarrollo de un método proteómico para la identificación de bacterias y marcadores de resistencia a antibióticos en muestras clínicas, en colaboración con el Hospital Maciel y Fiocruz. Hoy por hoy, la proteómica es un área suficientemente madura como para dar respuestas en el área de la salud y la medicina personalizada, y nuestra idea es continuar explorando esta potencialidad.
A mediano plazo nos gustaría poder integrar la metabolómica, que es algo que nos ha solicitado un gran número de grupos del instituto, así como la proteómica de célula única.
En el largo plazo, es más difícil predecir los rumbos que tomarán la proteómica y metabolómica. Yo seguro voy a estar jubilada, pero no tengo duda de que los hoy jóvenes integrantes de la UByPA van a estar más que preparados para definir el rumbo de la unidad y mantenerla actualizada.
