Procesamiento de Señales
El Laboratorio de Procesamiento de Señales era un grupo interdisciplinario con foco en la investigación en procesamiento de señales e imágenes biomédicas con especial interés en la microscopía. Asimismo buscaba la formación de habilidades en procesamiento de imágenes de investigadores provenientes de las ciencias de la vida de forma de establecer un lenguaje común y una visión crítica en estas técnicas.
El procesamiento de señales ofrecía un enfoque objetivo que permite automatizar y sistematizar el análisis de datos generados por el amplio espectro de técnicas y equipos utilizados en el IP Montevideo, desde la cuantificación de imágenes de microscopía hasta datos de secuencias genómicas.
Una aproximación interdisciplinaria permitió desarrollar metodologías y algoritmos que incorporaron en todas las etapas de la investigación el conocimiento de las diferentes disciplinas.
En este grupo participaban miembros del Departamento de Procesamiento de Señales de la Facultad de Ingeniería (Udelar) y del Institut Pasteur de Montevideo.
Integrantes
Eng Federico Lecumberry, PhD
Responsable
Facultad de Ingeniería, Udelar
Eng Martín Etchart
Estudiante de maestría
Mauricio Ramos
Estudiante de grado
Alfredo Solari
Estudiante de grado
Daniel Soria
Estudiante de grado
Líneas de investigación
Procesamiento de imágenes biomédicas.
Desarrollo e integración de algoritmos y herramientas para la cuantificación y análisis de imágenes provenientes de diversas fuentes de imagenología en biomedicina: microscopía óptica, de fluorescencia, electrónica, o sistema de in-vivo imaging. Algunas líneas y aplicaciones realizadas son: detección y cuantificación largo y fluorescencia de cilios primarios, detección de parásitos y cálculo de índice de infección, seguimiento de trayectorias de neutrófilos, cuantificación de la dinámica de fluorescencia en diferentes tratamientos de células y tejidos, reconstrucción de estructuras tridimensionales, entre otras. A través de la Unidad de Microscopía del IPMon se colabora con investigadores de varios grupos dentro del IPMon y con investigadores de la Facultad de Medicina de la Universidad de la República.
Procesamiento de señales aplicado a la bioinformática.
Análisis de datos genómicos y aplicación de métodos de aprendizaje automático para el análisis y visualización de la evolución de virus o la identificación de proteínas con capacidad fusogénica. En esta línea se trabaja en colaboración con la Unidad de Bioinformática y del Instituto de Matemáticas de la Facultad de Ingeniería.
Cursos
- Curso de posgrado “Procesamiento de Imágenes para Biología y Medicina” (PIMBIO). Facultad de Ingeniería; Julio 2016 y noviembre 2017. Organizador: Departamento de Procesamiento de Señales. Responsable: Federico Lecumberry.
- Curso regional y de posgrado “Processing and Analysis of Fluorescence Microscopy Images”. Institut Pasteur de Montevideo; marzo 2016. Organizador: Unidad de Microscopía (IPMon).
- Tutorial “Bases para el Procesamiento y Análisis de Imágenes”. Institut Pasteur de Montevideo; noviembre 2017. Organizador: Laboratorio de Procesamiento de Señales.
Proyectos
2015–2018 – “Diseño de biosensores para monitoreo simultáneo de señalización redox y cAMP: Desde la computadora a la célula y vuelta a la computadora”.
Publicaciones
vacio
2018
Kinesin 1 regulates cilia length through an interaction with the Bardet-Biedl syndrome related protein CCDC28B Rossina Novas, Magdalena Cardenas-Rodriguez, Paola Lepanto, Matías Fabregat, Magela Rodao, Maria Ines Fariello, Mauricio Ramos, Camila Davison, Gabriela Casanova, Lucía Alfaya, Federico Lecumberry, Gualberto González-Sapienza, Florencia Irigoin, José L. Badano Scientific Reports, Volume 8, Number 3019, page 1–16 – Feb. 2018
2017
Quantification of structural changes in the rodent somatosensory cortex. Mauricio Ramos, Javier Nogueira, Diego Méndez, Federico Lecumberry. XIV Congreso CIASEM 2017, Varadero, Cuba, 25-29 sep – 2017
2016
Similarity measure for cell membrane fusion proteins identification. Daniela Megrian, Pablo S. Aguilar, Federico Lecumberry. Progress in Pattern Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications : 21st Iberoamerican Congress, CIARP 2016, Lima, Perú, November 8-11, 2016, Lecture Notes in Computer Science, Springer, , page 257–265 – 2016.
Medida del largo de cilias primarias : Un plugin para ImageJ. Mauricio Ramos, Paola Lepanto, Florencia Irigoin, Federico Lecumberry. Acta Microscópica, Volume 25 Supp A – 2016.
2013
A confocal microscopy image analysis method to measure adhesion and internalization of Pseudomonas aeruginosa multicellular structures into epithelial cells. Paola Lepanto, Federico Lecumberry, Jéssica Rossello, Arlinet Kierbel. Molecular and Cellular Probes, Volume 28, Number 1, page 1-5. Feb. 2013.