Genómica Microbiana
En el Laboratorio de Genómica Microbiana nos dedicamos al estudio de microorganismos (principalmente bacterianos) que tienen relevancia para la salud humana y de animales de producción. Para esto, utilizamos a la genómica, la metagenómica, la bioinformática y la bacteriología tradicional como herramientas fundamentales. La información que generamos nos ayuda a entender los mecanismos evolutivos que dan lugar a la adquisición de resistencia a antibióticos, la adaptación a los hospederos y la transmisión entre los mismos y el ambiente. De esta manera, nuestro trabajo contribuye a generar nuevas herramientas diagnósticas para enfermedades infecciosas, entender sus patrones epidemiológicos e identificar biomarcadores en comunidades de microorganismos asociadas a diversas patologías.
Financia:
Integrantes
Andrés Parada, PhD
Investigador asistente
Facultad de Ciencias, Udelar
Líneas de investigación
Estudio del microbioma humano en contexto de salud y enfermedad. Estudiamos el rol de los microorganismos y biomarcadores microbianos asociados a diferentes contextos de salud/enfermedad.
Microbioma intestinal como reservorio de nuevos compuestos antibióticos. Estudio de nuevos compuestos y proteínas antibióticas identificadas de microorganismos intestinales con actividad antimicrobiana contra bacterias multidrogoresistentes ESKAPE.
Estudio del microbioma intestinal animal y su rol en la salud.
Microbioma ambiental y el impacto del uso de suelos.
Poblaciones microbianas relevantes en la salud intestinal de la población uruguaya.
Proyectos
2024-actual “Dime con quién andas y te diré cómo eres: influencia de la microbiota en la patogenicidad de Blastocystis spp. y su efecto sobre el epitelio intestinal humano”. Transversal. Responsable: Romina Pagotto, Co-responsable: Nadia Riera.
2024-actual “Caracterización genómica poblacional y fenotípica de Catenibacterium” Fondo Clemente Estable, Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII). Responsable: Matías Giménez. Co-responsable: Daniela Costa.
2023-actual “Caracterización del microbioma intestinal y en el trastorno del espectro autista
en Uruguay”. Despegue científico, PEDECIBA. Responsable: Nadia Riera.
2023-actual “Identificación y validación de nuevos biomarcadores de salud intestinal para el
diagnóstico temprano de autismo”. Fondo Sectorial de Salud, Agencia Nacional de Investigación e Innovación (ANII). Responsable: Nadia Riera.
2019-2024 “Rol de la microbiota intestinal en la respuesta a la inmunoterapia del cáncer en Uruguay” Fondo ANII-GSK. Responsable: Nadia Riera.
2019-actual – “Latinbiota: comprendiendo la evolución, transmisión y resistencia a antibióticos de patógenos asociados a la microbiota en países de Latinoamérica”. Responsable: Gregorio Iraola.
Wellcome Sanger Institute.
2017-actual – “Epidemiología genómica de infecciones por Clostridium difficile en Latinoamérica”. Responsable: Gregorio Iraola. Wellcome Sanger Institute.
2017-actual – “Centro de Metagenómica: una plataforma para la incubación de proyectos aplicados al monitoreo de ambientes prioritarios”. Responsables: Gastón Gonnet, Gregorio Iraola.
ANII.
2017-actual – “Diversidad global, epidemiología genómica y evolución de Leptospira spp.”. Responsable: Mathieu Picardeau. RIIP-PTR.
2017-2019 – “Determinación de asociaciones fenotipo-genotipo en cepas de Campylobacter fetus causantes de infecciones sistémicas en humanos. Responsable: Gregorio Iraola. DC2C-FVF.
2016-2019 – “Desarrollo y validación de metodologías para el diagnóstico y control de la campylobacteriosis genital bovina”. Responsables: Lucía Calleros, Gregorio Iraola. ANII-FSSA.
2016-2019 – “Evolución genómica de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis en
animales salvajes y de producción. Responsable: Pablo Fresia. ANII-FCE.
Publicaciones
vacio
2024
Riera N, Salazar C, Rivera B, Galiana A, Durán R, Portela MM, Antelo V, Pi B, González O,
Iraola G, Genetically divergent Francisella philomiragia associated with septic arthritis,
Montevideo, Uruguay, New Microbes and New Infections, Volume 57, 2024, 101210, ISSN
2052-2975, https://doi.org/10.1016/j.nmni.2023.101210.
2023
- Riera N, Davyt D, Durán R, Iraola G, Lemanceau P and Bajsa N (2023) An antibiotic
produced by Pseudomonas fluorescens CFBP2392 with antifungal activity against
Rhizoctonia solani. Front. Microbiol. 14:1286926.
https://doi.org/10.3389/fmicb.2023.1286926
2022
Salazar, C., Giménez, M., Riera, N. et al. Human microbiota drives hospital-associated
antimicrobial resistance dissemination in the urban environment and mirrors patient case
rates. Microbiome 10, 208 (2022). https://doi.org/10.1186/s40168-022-01407-8
2019
- Fresia, P., Antelo, V., Salazar, C., Giménez, M., D’Alessandro, B., Afshinnekoo, E., … & Iraola, G. (2019). Urban metagenomics uncover antibiotic resistance reservoirs in coastal beach and sewagewaters. Microbiome, 7(1), 35.
2018
- Diaz-Viraque, F., Pita, S., Greif, G., de Souza, R. D. C. M., Iraola, G., & Robello, C. (2018). Nanopore sequencing significantly improves genome assembly of the eukaryotic protozoan parasite Trypanosoma cruzi. BioRxiv, 489534.
- Antelo, V., Salazar, C., Martínez, A., D’Alessandro, B., Castro, M., Betancor, L., … & Iraola, G. (2018). First release of the bacterial biobank of the urban environment (BBUE). Microbiology Resource Announcements, 7(16), e01201-18.
- Ferrés, I., & Iraola, G. (2018). MLSTar: automatic multilocus sequence typing of bacterial genomes in R. PeerJ, 6, e5098.
- Iraola, G., & Kumar, N. (2018). Surveying what’s flushed away. Nature Reviews Microbiology, 16(8), 456.
- Thibeaux, R., Iraola, G., Ferrés, I., Bierque, E., Girault, D., Soupé-Gilbert, M. E., … & Goarant, C. (2018). Deciphering the unexplored Leptospira diversity from soils uncovers genomic evolution to virulence. Microbial Genomics, 4(1).
2017
- Iraola, G., Forster, S. C., Kumar, N., Lehours, P., Bekal, S., García-Peña, F. J., … & Vidal, A. (2017). Distinct Campylobacter fetus lineages adapted as livestock pathogens and human pathobionts in the intestinal microbiota. Nature Communications, 8(1), 1367.