Genómica Microbiana

En el Laboratorio de Genómica Microbiana nos dedicamos al estudio de microorganismos (principalmente bacterianos) que tienen relevancia para la salud humana y de animales de producción. Para esto, utilizamos a la genómica, la metagenómica, la bioinformática y la bacteriología tradicional como herramientas fundamentales. La información que generamos nos ayuda a entender los mecanismos evolutivos que dan lugar a la adquisición de resistencia a antibióticos, la adaptación a los hospederos y la transmisión entre los mismos y el ambiente. De esta manera, nuestro trabajo contribuye a generar nuevas herramientas diagnósticas para enfermedades infecciosas, entender sus patrones epidemiológicos e identificar biomarcadores en comunidades de microorganismos asociadas a diversas patologías.

Financia:

Integrantes

Gregorio Iraola, PhD

Gregorio Iraola, PhD

Responsable

Florencia Peñalba

Florencia Peñalba

Pasante de grado

Daniela Costa-Duarte, MSc

Daniela Costa-Duarte, MSc

Estudiante de doctorado

Cecilia Salazar, MSc

Cecilia Salazar, MSc

Investigadora asistente

Estudiante de doctorado
csalazar@pasteur.edu.uy

Ignacio Ferrés, MSc

Ignacio Ferrés, MSc

Estudiante de doctorado

Matías Giménez, MSc

Matías Giménez, MSc

Estudiante de doctorado

Tec. Nabila Elgul

Tec. Nabila Elgul

Investigadora asistente

Estudiante de grado
nelgul@pasteur.edu.uy

Andrés Parada, PhD

Andrés Parada, PhD

Investigador asistente

Estudiante de posdoctorado
andrespara@pasteur.edu.uy

Nadia Riera, PhD

Nadia Riera, PhD

Investigadora asistente

Estudiante de posdoctorado
nriera@pasteur.edu.uy

Bruno Manta, PhD

Bruno Manta, PhD

Investigador adjunto

Valeria Florez, MSc

Valeria Florez, MSc

Asistente de investigación

Estudiante de doctorado
vflorez@pasteur.edu.uy

Sofía Lezuez

Sofía Lezuez

Pasante de grado

Líneas de investigación

Caracterización de fuerzas evolutivas, inferencia de patrones epidemiológicos y biogeográficos, caracterización de determinantes de patogenicidad y resistencia a antibióticos en bacterias ambientales, patógenas para humanos y animales de producción. El análisis comparativo de genomas permite realizar inferencias sobre la biología de las bacterias, por ejemplo, como se adaptan o se transmiten entre hospederos, como se diseminan geotemporalmente o como adquieren virulencia y/o resistencia a antibióticos. El Laboratorio de Genómica Microbiana lidera proyectos de escala nacional e internacional para el estudio de diversos patógenos de importancia sanitaria para humanos y animales de producción como Campylobacter, Leptospira, Mycobacterium o Clostridium.

Estudio del microbioma humano, animal y ambiental, con énfasis en la dinámica de los mecanismos de resistencia a antibióticos entre bacterias patógenas y comensales. El rol del microbioma en la salud humana (y en la de otros animales) es indiscutible, pero sus patrones de variación en distintas poblaciones y los mecanismos por los cuales éstas bacterias pueden transmitirse entre hospederos aún requieren ser explorados en mayor profundidad. El Laboratorio de Genómica Microbiana está enfocado en determinar los patrones de variación del microbioma humano en poblaciones latinoamericanas desde una perspectiva de una sola salud, ya que considera el rol del ambiente y de los animales de producción como reservorio de patógenos y mecanismos de resistencia a antibióticos.

Desarrollo de nuevas herramientas de microbiología computacional. Las herramientas bioinformáticas que aplicamos para estudiar genomas y metagenomas deben ser optimizadas de forma constante. Por lo tanto, el desarrollo de nuevas aproximaciones analíticas es una de nuestras líneas de investigación en el Laboratorio de Genómica Microbiana. Específicamente, buscamos desarrollar pipelines automatizados para el análisis comparativo de genomas bacterianos, por ejemplo plara la genotipificación de cepas o la reconstrucción de pangenomas, y la consolidación de las tecnologías de secuenciación de tercera generación como Oxford Nanopore.

Proyectos

2019-actual – “Latinbiota: comprendiendo la evolución, transmisión y resistencia a antibióticos de patógenos asociados a la microbiota en países de Latinoamérica”. Responsable: Gregorio Iraola.
Wellcome Sanger Institute.

2017-actual – “Epidemiología genómica de infecciones por Clostridium difficile en Latinoamérica”. Responsable: Gregorio Iraola. Wellcome Sanger Institute.

2017-actual – “Centro de Metagenómica: una plataforma para la incubación de proyectos aplicados al monitoreo de ambientes prioritarios”. Responsables: Gastón Gonnet, Gregorio Iraola.
ANII.

2017-actual – “Diversidad global, epidemiología genómica y evolución de Leptospira spp.”. Responsable: Mathieu Picardeau. RIIP-PTR.

2017-2019 – “Determinación de asociaciones fenotipo-genotipo en cepas de Campylobacter fetus causantes de infecciones sistémicas en humanos. Responsable: Gregorio Iraola. DC2C-FVF.

2016-2019 – “Desarrollo y validación de metodologías para el diagnóstico y control de la campylobacteriosis genital bovina”. Responsables: Lucía Calleros, Gregorio Iraola. ANII-FSSA.

2016-2019 – “Evolución genómica de Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis en
animales salvajes y de producción. Responsable: Pablo Fresia. ANII-FCE.

Publicaciones

vacio
2019
  • Fresia, P., Antelo, V., Salazar, C., Giménez, M., D’Alessandro, B., Afshinnekoo, E., … & Iraola, G. (2019). Urban metagenomics uncover antibiotic resistance reservoirs in coastal beach and sewagewaters. Microbiome, 7(1), 35.
2018
  • Diaz-Viraque, F., Pita, S., Greif, G., de Souza, R. D. C. M., Iraola, G., & Robello, C. (2018). Nanopore sequencing significantly improves genome assembly of the eukaryotic protozoan parasite Trypanosoma cruzi. BioRxiv, 489534.
  • Antelo, V., Salazar, C., Martínez, A., D’Alessandro, B., Castro, M., Betancor, L., … & Iraola, G. (2018). First release of the bacterial biobank of the urban environment (BBUE). Microbiology Resource Announcements, 7(16), e01201-18.
  • Ferrés, I., & Iraola, G. (2018). MLSTar: automatic multilocus sequence typing of bacterial genomes in R. PeerJ, 6, e5098.
  • Iraola, G., & Kumar, N. (2018). Surveying what’s flushed away. Nature Reviews Microbiology, 16(8), 456.
  • Thibeaux, R., Iraola, G., Ferrés, I., Bierque, E., Girault, D., Soupé-Gilbert, M. E., … & Goarant, C. (2018). Deciphering the unexplored Leptospira diversity from soils uncovers genomic evolution to virulence. Microbial Genomics, 4(1).
2017
  • Iraola, G., Forster, S. C., Kumar, N., Lehours, P., Bekal, S., García-Peña, F. J., … & Vidal, A. (2017). Distinct Campylobacter fetus lineages adapted as livestock pathogens and human pathobionts in the intestinal microbiota. Nature Communications, 8(1), 1367.