Biología Molecular
La Unidad de Biología Molecular (UBM) ofrece servicios estandarizados de secuenciación ácidos nucleicos y análisis de fragmentos mediante electroforesis capilar. Estos servicios cumplen con el objetivo de dar apoyo técnico y asesoramiento científico tanto a investigadores del instituto como de otros organismos públicos o privados de investigación, de empresas, y de centros de la región.
Asimismo, ofrece asesoramiento para el diseño experimental de estudios genómicos y transcriptómicos a través de microarreglos de ADN o secuenciación masiva. Cuenta con un scanner de microarreglos (Agilent) y un secuenciador de alta capacidad (Illumina) que permite la realización de un amplio espectro de experimentos.
Integrantes
María Laura Chiribao, PhD
Investigadora asociada honoraria
Posdoc
Facultad de Medicina, Udelar
chiribao@pasteur.edu.uy
Adriana Parodi, PhD
Investigadora asociada honoraria
Facultad de Ciencias, Udelar
apartal@pasteur.edu.uy
Dolores Piñeyro, PhD
Investigadora asociada honoraria
Facultad de Medicina, Udelar
pineyro@pasteur.edu.uy
Líneas de investigación
Estudio de la interacción hospedero-patógeno intracelular con enfoque sistémico
En la UBM estudiamos factores de virulencia de patógenos intracelulares, así como las vías y genes del hospedero necesarios para el establecimiento de la infección, y la interfase entre ambas. Nos planteamos como objetivos principales el diseño, a partir de estos hallazgos, de nuevas estrategias de tratamiento o prevención de diversas patologías infecciosas, entre las cuales se destacan la Enfermedad de Chagas, tripanosomiasis africanas, leishmaniasis, y tuberculosis.
Determinación de factores de virulencia necesarios para la infección con T.cruzi
Para el establecimiento y persistencia de la infección de T. cruzi, hemos descrito un conjunto de proteínas relacionadas con el metabolismo redox de tripanosomátidos (triparedoxina peroxidasa citosólica y mitocondrial, triparredoxinas, glutarredoxinas, pteridín reductasa), caracterizándolas desde el punto de vista estructural y funcional. Nos encontramos desarrollando estrategias para su inhibición, así como su aplicación en el desarrollo de estrategias terapéuticas y preventivas.
Caracterización de los cambios en la expresión génica que producen parásitos intracelulares en células humanas
Hemos demostrado que existe una reprogramación celular por parte de T. cruzi que permite el establecimiento y persistencia de la infección en células humanas. Uno de los principales objetivos que perseguimos actualmente es el de identificar proteínas del hospedero, que al ser inhibidas, impiden la infección por T. cruzi. Estamos también, extendiendo esta estrategia para estudios genómicos y de biología molecular en leishmaniosis, tripanosomiasis africana, neosporosis y tuberculosis.
Servicios
SECUENCIACIÓN DE ADN (MÉTODO SANGER)
El servicio de secuenciación de ADN es la única instalación en Uruguay que realiza secuenciación mediante el método de Sanger y el análisis de fragmentos. Trabajando hasta ahora con un analizador genético 3130 (Applied BioSystems), y recientemente adquirimos un 3500 Genetic Analyzer (Applied BioSystems), que permitirá mejorar el rendimiento. La unidad recibe muestras de instituciones privadas y públicas de todo el país.
El costo de los servicios brindados se resume en la siguiente tabla:
| SERVICIO | COSTO (en US$)* | CUPONERA x100 (en US$)* | PRIVADOS |
| Secuencia | 7 | 600 | 20 |
| Fragmentos | 2,5 | 200 | 5 |
| Purificación | 2,5 | 200 | 5 |
* Precio para Sector Académico (nacional e internacional).
Las cuponeras tienen un vencimiento de 12 meses a partir de la compra.
- Para la compra de servicios consultar en: tecnologia@pasteur.edu.uy
- Para consulta técnicas u otros servicios: ubm@pasteur.edu.uy
- Para el envío de muestras es necesario completar formulario que corresponda: Formulario de Solicitud de Secuencias o Formulario de Analisis de Fragmentos.
MICROARRAYS
La plataforma Agilent todavía se está utilizando para estudios transcriptómicos de organismos complejos, principalmente muestras humanas y bovinas. También hay cooperación esporádica con clínicas privadas que utilizan la Hibridación Genómica Comparativa en diagnósticos (por ejemplo, diagnósticos genéticos previos a la implantación).
SECUENCIACIÓN PROFUNDA
El equipo Illumina ha permitido iniciar el Programa de Genómica, y ahora es ampliamente utilizado en diferentes aplicaciones, principalmente genómica y transcriptómica de patógenos (bacterias y protozoos unicelulares). También proporcionamos capacitación práctica sobre cómo usar el equipo y analizar los datos, con el fin de estimular la autonomía de otros laboratorios en la aplicación de la secuenciación de próxima generación en su investigación.
Equipos
- Secuenciador/analizador de ADN
- PCR de tiempo real
- Lector de microarray
- Hibridizador de microarray
- BioAnalyzer
- Instrumentación general de biología molecular
- MiSeq Illumina
Cursos
- “Functional Genomics and its applications in biomedicine: Host-Pathogen interaction”. RIIP/UNU-Biolac Course. November 2014.
Publicaciones
vacio
2018
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- Libisch M.G, Faral-Tello P, J.Garg N, Radi R, Piacenza L, Robello C.(2018) Early Trypanosoma cruzi Infection Triggers mTORC1-Mediated Respiration Increase and Mitochondrial Biogenesis in Human Primary Cardiomyocytes. Frontiers in Microbiology.9,1889.doi: 10.3389/fmicb.2018.01889
- Berná L, Rodriguez M, Chiribao ML, Parodi-Talice A, Pita S, Rijo G, Alvarez-Valin F, Robello C. Expanding an expanded genome: long-read sequencing of Trypanosoma cruzi. Microb Genom. 2018 Apr 30. doi: 10.1099/mgen.0.000177.
- Cavalieri D, Di Paola M, Rizzetto L, Tocci N, De Filippo C, Lionetti P, Ardizzoni A, Colombari B, Paulone S, Gut IG, Berná L, Gut M, Blanc J, Kapushesky M, Pericolini E, Blasi E, Peppoloni S. Genomic and Phenotypic Variation in Morphogenetic Networks of Two Candida albicans Isolates Subtends Their Different Pathogenic Potential. Front Immunol. 2018 Jan 19;8:1997. doi: 10.3389/fimmu.2017.01997
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- Schijman AG, Bisio M, Orellana L, Sued M, Duffy T, Mejia Jaramillo AM, CuraC, Auter F, Veron V, Qvarnstrom Y, Deborggraeve S, Hijar G, Zulantay I, LuceroRH, Velazquez E, Tellez T, Sanchez Leon Z, Galvão L, Nolder D, Monje Rumi M, LeviJE, Ramirez JD, Zorrilla P, Flores M, Jercic MI, Crisante G, Añez N, De Castro AM, Gonzalez CI, Acosta Viana K, Yachelini P, Torrico F, Robello C, Diosque P,Triana Chavez O, Aznar C, Russomando G, Büscher P, Assal A, Guhl F, Sosa EstaniS, DaSilva A, Britto C, Luquetti A, Ladzins J. International study to evaluate PCR methods for detection of Trypanosoma cruzi DNA in blood samples from Chagas disease patients.PLoS Negl Trop Dis. 2011 Jan 11;5(1):e931.
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- Dujardin JC, Herrera S, do Rosario V, Arevalo J, Boelaert M, Carrasco HJ, Correa-Oliveira R, Garcia L, Gotuzzo E, Gyorkos TW, Kalergis AM, Kouri G, LarragaV, Lutumba P, Macias Garcia MA, Manrique-Saide PC, Modabber F, Nieto A, Pluschke G, Robello C, Rojas de Arias A, Rumbo M, Santos Preciado JI, Sundar S, Torres J, Torrico F, Van der Stuyft P, Victoir K, Olesen OF. Research priorities for neglected infectious diseases in Latin America and the Caribbean region. PLoSNegl Trop Dis. 2010 Oct 26;4(10):e780.